1、主体不同
就业协议适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间，学校是就业协议的见证方或签约方，就业协议对用人单位的性质没有规定，适用任何单位；而劳动合同只适用于劳动者（含应届毕业生）与用人单位（不含公务员单位和比照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统）之间，与学校无关，协议书《就业协议书需要注意的地方和作用》。
2、内容不同
毕业生就业协议的内容主要是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接受毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案，而不涉及毕业生到用人单位报到后，所享有的权利义务。劳动合同的内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面更为具体，劳动权利义务更为明确。
3、时间不同
一般来说就业协议签订在前，就业协议应在毕业生就业之前签订，而劳动合同往往在毕业生到用人单位报到后才签订。
4、目的不同
就业协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是对双方的基本条件以及即将签订的劳动合同的部分基本内容的大体认可，并经用人单位的上级主管部门和高校就业部门同意，一经毕业生、用人单位、高校、用人单位主管部门签字盖章，即具有一定的法律效力，是编制毕业生就业方案和将来双方订立劳动合同的依据。
跟用人单位确立正式劳动关系的法律文件是劳动合同，而不是就业协议，所以大可不必纠结其他录用形式就业与签就业协议就业有什么不同。因为即便是签订三方就业协议就业的，在毕业至单位报到上班之后，三方就业协议也就宣告终止，应届毕业生以劳动者的身份与用人单位签订劳动合同，正式建立劳动关系。
事实上，虽然有一些央企、国企等单位在签订三方就业协议时，会跟毕业生约定违约金，但从用人单位的角度来说，就业协议并不是他们所需要的。
三方就业协议是由国家教育部统一印制的，目的是为了规范学校、用人单位和学生三方的相关行为：用人单位表示录用意愿后不能随意反悔，相关的资质、业务、承诺给学生的各方面待遇要能经得起检验；学生接受录用后也不能随意反悔；学校应届生的就业数据则要以三方协议为依据，不得随意捏造和篡改。
其初衷是对缺乏社会工作经验的应届毕业生的一种适当保护，也是统计应届生就业数据、办理档案转移等相关事项的一种凭证。
而真正进入工作单位后，有没有三方就业协议、是不是签订过三方就业协议，在用人单位，是没有任何人会关心这一问题的。用人单位关心的是，入职后跟公司产生事实劳动关系1个月之内，一定要签署劳动合同，劳动合同也是唯一确定劳动者跟公司劳动关系的法律文本文件。
相对于三方就业协议，在劳动合同法和劳动法对劳动者的保护下，我们可以受到更好的保护：比如三方协议可以约定违约金，一旦违约，应届生还得支付违约金，但在劳动合同法下，用人单位是不能跟员工约定类似“今天签订了劳动合同，如果明天不来或者辞职就需要支付违约金”类似的条款的。
因此，只要档案已经办理好托管、找到了合适的工作，就大可不必纠结有没有跟单位签署过三方就业协议。
还有一种情况，你报考在职研究生。