协议就业和合同就业有以下这些区别：
1、涉及主体不同：
就业协议书涉及毕业生、用人单位和学校；劳动合同仅涉及劳动者和用人单位。
2、签约内容不同：
就业协议书主要涉及毕业生就业和单位接收毕业生的意向，涉及派遣、人事档案、户口等政策性事宜；劳动合同主要涉及劳动者和用人单位的岗位、待遇等权利和义务。两者之间也有交叉。一些谈好的福利待遇也要在就业协议书中写明，作为以后跟用人单位签订劳动合同具体条款的依据。
3、签约时间不同：
就业协议书一般是毕业生在校期间与用人单位签订的协议；劳动合同一般是劳动者去企业时签订。特殊情况：假设暂缓就业期间，毕业生张某与某私企签订了一年的劳动合同，在该企业工作满一年后，无续签，其又顺利考上某高校事业编制辅导员岗位，遂先与该高校先签订就业协议书，进行人事档案、户口等方面调动，在规定的报到期限内来到高校报到并与高校签订聘用合同。
4、法律适用、争议处理方式不同：
就业协议书属于普通民事协议（合同），受《民法通则》、《合同法》等调整；劳动合同受《劳动法》、《劳动合同法》等调整。
5、法律效力时段不同：
就业协议书的效力从签订之日起至毕业生到用人单位报到、用人单位正式接收后终止；劳动合同为合同约定期限内有效。当然，签订劳动合同时，原就业协议中约定的岗位、工资待遇等，应作为签订劳动合同的依据。若相同事项，劳动合同与就业协议不一致的，以后签订的劳动合同为准。
6、违约金范围不同：
就业协议书在不违反民法的情况下可自由约定是否有违约金；劳动合同的违约金仅适用于违反服务期约定和违反竞业限制两种情况。
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