你好，我找的基因序列只有orf，没有非翻译区，怎么设计引物啊？

Question

ATGGTGAAGCCTCGGATTCTACTTGGTGCTTGTGGAAGTGTTGGTGCTGTGAAATTTGGGCATGTTTGTCGTTGTTTTGCAGAATGGGCAGAAGTAAGGG
CGGTGGTCACAAAATCATCCTTGTGTTTTATTGATGAACAAACATTTCCCAAGGATGTTGTTGTATTTTGTGATAAGCATGAGTGGCTTACATGGAAAAA
GCTAGGTGATCCTGTGATGCATATTGAGCTTCTTAGATGGGCTGAAATAATGGTCATTGCTCCATTGTCAGCAAATACTCTTGGCAAGATAGCTGGAGGG
TTGTGTGACAATCTTCTGACATGTATTGTGAGAGCATGGGACTACAGCAAGCCACTGTTTGTTGCACCATCCATGAACTCTATTGTATGGAGAAACCCTT
TCACCGAACGGCATTGCACCGAGATTGATGAGCTTGGCATCACTCTCATCCCTCCTGTTACACATACAACAGCTAGTGGGGATTTTGAGCATGGCGCAAT
GGCTGAACCTTCAACCATTTCCTCGACTGTGAGAGTTTTTTATGTGTTAAAGATGCAGAAAAAGTAG 多谢了，

Answer 1

看你的目的了，如果你是要做表达克隆的话，只有强行从atg开始设计了，看运气吧，如果primer和oligo分数太低难以进行pcr可以考虑降低碱基的数目，或者按照密码子表更改碱基，但注意不要改变氨基酸。
又或者你可以在atg之前插入一些碱基修饰一下你的引物，不过如果你做表达克隆，尤其是融合表达时不能改变你的编码框。
如果做的是TA克隆。那就按照模板上死命扩吧。。不过估计你最后还是要表达吧？追问

是做TA克隆，最后表达，从两头设计分数太低了，二聚体，错配，上下游完全互补，有些麻烦，有好的建议吗？

追答

1.缩短引物，不过可能会造成特异性低，搞不好你就切胶吧。
2.在不改动氨基酸的情况下按照密码子表更改碱基，使你的引物更好看。
3.TA克隆怎样都无所谓，很容易搞，但是要表达的话要注意你是做什么表达，融合表达的话标签在什么位置，要不要更改终止密码子等等。。。慢慢啃书吧

Answer 2

你要P哪一段？CDS全长？如果没有UTR序列的话，那么你只能强行靠头靠尾设计引物了。引物设计长一些，提高Tm，这样可以减少非特异性扩增。