如何让设计引物

有一段基因序列，想做表达，设计引物是直接根据这段基因序列设计吗？还是查找出这段基因的ORF，根据这段ORF的基因序列设计引物啊

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第1个回答 2012-08-24

你的序列是全长吗？如果不是，可以根据这段序列，先设计3'race和5‘race引物。得到序列全长之后，分析开放阅读框（ORF），根据ORF，设计引物，表达蛋白。追问

是实验室的一种菌，基因组测序得到的很多contig，每一个contig都应该是一个完整的基因序列吧

追答

那你应该问问老师，库里的都是不是全长序列。或者自己先比对，看看其他物种是多长吧，看看结构域都全不全。文库中的contig也不一定都是全长的。我们实验室做表达是要求有全长之后，才能后续的。

第2个回答 2012-08-24

直接设计只要包含了整个CDS区就可以追问

哦，那CDS和ORF是一样的吗，怎么查找基因的CDS区啊

追答

恩差不多回事 ORF是DNA上的 CDS是mRNA上的看你模板用的是基因组DNA还是cDNA了反正就是包含了起始密码子到终止密码子的那部分两边可以适当的延长这样引物的选择会更多一些

追问

对了，还有，设计的引物序列可不可以在ORF序列中吗

追答

那不是只能卡在头和尾了不然P出来的东西就少了引物之外的ORF序列啦

追问

哦，知道了，还有如果一个基因序列与查找的它的ORF相差二三百个碱基的话，设计引物是用原序列好，还是ORF序列好啊

追答

唉怎么不明白呢你得包含整个ORF 所以必须拿整个基因序列不然引物只能卡在ORF的首尾

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怎样设计引物?答：1、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。2、引物长度一般在15-30碱基之间。3、引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。4、引物3′端要避开密码子的第3位。5、引物3′端不能选择A，最好选择T。6、碱基要随机分布。7、引物自身及引物之间不应存在互补序列。8、引物5′端和中间△G值应该相对...

如何设计pcr引物答：6、引物设计有3条基本原则：引物与模板的序列要紧密互补。引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。pcr扩增中,如何设计引物?1、引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。2、引物设计需要注意的地方很多...

如何进行引物设计?答：1、网址引物设计和验证的推荐网站为：Primer-Blast。这是一个专门设计用于在已知序列上设计引物或探针的工具。使用BLAST-Primer，您可以输入一个序列或一组序列，并为这些序列设计引物或探针，以便用于PCR扩增或杂交检测等分子生物学实验。需要注意的是，NCBI还有一个网站叫：BLAST。注意二者不要弄混。BLAST...

PCR引物怎么设计?答：否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加。3、引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。

引物设计方法答：以下是引物设计的一般步骤：1. 确定扩增区域：首先需要明确要扩增哪个DNA区域，例如基因的外显子、内含子或启动子等。2. 收集序列信息：从数据库中获取该区域的序列信息，如NCBI等公共数据库。3. 确定引物长度：通常引物长度为18-25个碱基，过短会导致非特异性扩增，过长则会影响PCR效率。4. 确定引物...

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