荧光定量PCR的引物跨几个内含子比较好

如题所述

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第1个回答 2012-07-16

想跨两个还要看具体情况，有些外显子很长，是不可能跨两个的。就算可以，其实也没必要跨两个。跨一个足以。

第2个回答 2012-07-16

如果你想区分出你的cDNA是否有genomic DNA的污染，在设计荧光定量PCR引物时，最好跨越至少一个内含子吧本回答被提问者采纳

第3个回答 2012-07-16

据我所知，荧光定量PCR的引物只有十几个bp，能P出来的片段也就100多bp，跨不了内含子吧……本回答被网友采纳

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关于引物设计答：1.特异性片段，在基因组里特异性比较高；2.最好跨内含子设计两引物，可以避免基因组干扰；3.产物长度在200bp以内比较好如果只是RT-PCR，那么片段长度也要小于500bp，然后选择跨内含子比较好。至于如何确定保守区特异区，把基因全长在blast里面比较，看在所有物种里面哪段保守性好，blast里面会用不同...

荧光定量PCR引物为什么要跨内含子设计?答：荧光定量PCR的扩增区段比较小，也就200bp左右，而且一般以cDNA为模板。如果不注意引物设计的话，很可能落在同一个外显子内。此时，无论cDNA还是基因组DNA都会给出同样的信号，也就是说定量会出现误差。如果引物跨内含子，则cDNA会给出信号，而基因组DNA由于引物无法完全配对而没有信号，也就避免了基因...

荧光定量PCR的引物怎么设计答：1、查找该物种或近缘物种信息，看是否能确定内含子序列的位置，在CDS上设计跨内含子的引物，以避免基因组污染；2、扩增片段大小最好在200bp左右，太大会影响扩增效率；3、最好一次分别设计两条上游（距离较近）和下游引物（距离较近），组合成4个扩增片段；4、用任何方法或软件设计好的引用都要用少量...

如何进行引物设计?答：2、扩增跨度：（1）长度：200~500bp（最好100~300bp，也可以小于400）；（2）设计跨内含子的引物：即前后引物之间要跨过不同内含子界限以区别或消除gDNA的扩增。DNA转录mRNA时，内含子会被剪切，mRNA理论上保留的都是外显子；跨内含子设计引物的目的是为了扩增时只扩增mRNA序列，而不扩增基因组DNA...

pcr product size怎么办答：我说个大概吧，荧光定量PCR引物设计一般都是跨内含子（这样能去除DNA的干扰），另外TM值在50-55左右，长度20bp左右，PCR product size 一般为150bp左右，最好不要有交叠试的二聚体。其实你能保证跨内含子，一般都OK的。

荧光定量PCR引物为什么要跨内含子设计答：引物若跨内含子的话，引物仅能以3'端的一小部分结合基因组DNA，这样的话Tm会很低。在较高的退火温度下，引物几乎无法和基因组DNA结合来引发聚合，而主要是与能够完全配对的cDNA结合并引发反应。

一步法引物是跨内含子嘛答：一步法引物是跨内含子。一步法引物包括两个引物，一个位于外显子的5'端，另一个位于内含子的3'端，从而使PCR扩增跨越内含子。这种方法可以用于检测基因组DNA中的基因剪接变异。所以一步法引物是跨内含子的。

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