关于引物设计

要对目的基因进行定量分析，基因全长1932NT，是不是只要选择其中的一段就行了，长约400NT左右，那么这一段应如何选？该基因的保守序列吗？该怎么确定一段基因是否是保守序列？我在GNEBANK里也查到了该基因，但未指出保守序列！

第1个回答 2009-04-02

要定量分析是指要做Realtime PCR吧。那么引物需要满足的是
1.特异性片段，在基因组里特异性比较高；
2.最好跨内含子设计两引物，可以避免基因组干扰；
3.产物长度在200bp以内比较好

如果只是RT-PCR，那么片段长度也要小于500bp，然后选择跨内含子比较好。

至于如何确定保守区特异区，把基因全长在blast里面比较，看在所有物种里面哪段保守性好，blast里面会用不同颜色线段表示本回答被提问者采纳

第2个回答 2009-04-10

一般来说引物都在开头一段或结尾一段设计，一对引物只要有一条在特异区段就行了，我一开始设计引物的时候请教过很多师兄关于保守序列的问题……结果师兄们都说：不用考虑……

第3个回答 2009-04-02

定量分析最好选特异序列

第4个回答 2020-05-01

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