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RT-PCR设计引物,如何找到目的基因的保守区?
询问比较具体的步骤,谢谢
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推荐答案 2008-09-25
引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。
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其他回答
第1个回答 2008-10-06
个人感觉rt的primer自己设计很麻烦,何不去查一下你要p的基因是不是有人报道过可用的rtpcr的primer呢?
你可以去RTPrimerDB、Primer Bank等网站去看看有没有在database中登记过的primer,直接合成就可以用了。
找不到的话,可以搜搜你要p的基因的文献,看看method,如果他做过rt,一定会有primer的。
好运。
相似回答
进行
引物设计的
时候
怎么找保守区
段?
答:
看看目的基因的参考文献
,文献里通常会提到哪些区段比较保守。如果没有参考文献,就比较不同物种的该基因,看看哪些片段同源性最高,同源性最高的就是保守区段。
求助
保守
序列
查找,引物设计
答:
5:根据比对结果,找到保守序列(例如MEGA的显示是小星号
,这个自己看一下软件就OK啦)6:根据保守序列,按照简并引物设计原则,设计成对引物。(这个要学习一下如何从氨基酸翻译成核苷酸)7:将序列给公司,进行合成。8:回来,进行普通PCR扩增,如果有目的条带,则进行割胶回收,连接载体,克隆,测序 9...
pcr
琼脂扩散
怎么
看
基因
是否
保守
答:
pcr琼脂扩散看基因是否保守方法:从NCBI中下载基因的序列,再用DNASTAR进行比对
。这个保守区,简单点说。1、是指不同来源(物种、群、菌株)核苷酸或蛋白质序列高度同源的那个区域。2、
选择核苷酸序列的保守区设计引物
,其一是为了防止PCR扩增时由于序列变异而导致的PCR假阴性。3其二,用一对引物就可以应用...
如何设计PCR引物
答:
要设计引物首先要找到DNA序列的保守区
。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基,扩增片段长度为100~600碱基对。让我们先看看...
求助大神:
如何查找基因的保守
或特异序列?谢谢
答:
上NCBI做BLAST,网址:网页链接 在页面左上角的方框里贴入
基因
序列,在下面的organism optional里面选择物种,点击最下面的BLAST按钮就行了。结果里面同源序列越多,就越
保守
。
...
如何
根据自己的若干条基因序列来
查找基因的保守
或特异序列? 谢谢_百...
答:
首先,你要把这个
基因的
起始位点标出来,就给这么点序列,不好给你分析.上面的DNA序列也不像从头开始的啊.下面的RNA序列也不知道是从什么地方开始的.这段基因到底是在基因的什么位置
?设计
realtime
PCR引物,
一般选择mRNA的前边部分,另外,你这段序列的长度也不够,一共才119bp,扩增出来也不好区分,建议设计...
我想找某
基因的保守
序列,不知
怎么找,
无从下手?急用,请指点?
答:
在NCBI或GENEBANK上至少找10个序列,用分子生物学软件align 一下,就可以
找到保守
序列。我找HIV-1
的保守
序列就是这么做的
,设计的引物
基本上都扩出来了。试试看。
大家正在搜
一段基因的引物如何设计
如何设计基因引物
如何设计引物扩增基因全长
根据基因的什么设计引物
引物与目的基因的关系
如何根据引物找扩增基因长度
引物是目的基因的一部分吗
设计引物的目的
根据基因序列设计引物
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