进行引物设计的时候怎么找保守区段？

如题所述

举报该问题

推荐答案 2013-03-11

看看目的基因的参考文献，文献里通常会提到哪些区段比较保守。如果没有参考文献，就比较不同物种的该基因，看看哪些片段同源性最高，同源性最高的就是保守区段。

温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考

当前网址：http://77.wendadaohang.com/zd/I8GWY83v8.html

第1个回答 2013-03-12

进行基因序列的比对，类似序列中同源性高的区域就是

相似回答

RT-PCR设计引物,如何找到目的基因的保守区?答：引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。

想问下各位高人,设计引物时没有所找物种的基因序列,想问下怎么进行多...答：找近缘种，越近越好，的那个基因都下下来 ncbi或软件都可以比对，找高度保守区具体操作为，蛋白序列和DNA序列都下，从连着7-8个蛋白保守区处比着DNA设计引物，如果有四个是G，两个是A就选G，要是一半一半就设计简并引物。一个引物简并引物不能超过3个！

如何设计PCR引物答：要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能形成二级结构，那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基，扩增片段长度为100~600碱基对。让我们先看看...

简并引物的设计怎么选择保守序列答：用clustal或者DNAman比对一下，找到保守区

想请教一下做RACE时,特异性引物的设计问题,以及如何根据同源保守区设计...答：选择核苷酸序列的保守区设计引物，其一是为了防止PCR扩增时由于序列变异而导致的PCR假阴性；其二，用一对引物就可以应用于不同菌（毒）株（物种、区域）来源样品中某一特定核酸序列的PCR鉴定。建议你先做3‘race，这个比5’race简单很多，你在NCBI上查找植物基因的序列，然后设计3‘race的接头引物，以及...

保守区 引物答：而一个基因中有很多片断可能是与其他基因重复的，比如基因的通用启动子区域，所以要跳过这种片断，针对本基因特有的片断来设计引物，而这些片断就是该基因的保守片断，不仅为本基因特有，而且在各类点突变等位基因中此片断变化的可能性极小。所以引物要针对本基因特有的保守区设计 ...

如何设计简并引物?答：每段保守区域至少包含6个氨基酸的保守序列，以保证引物的精确性。如果比对结果不够理想，可以依据物种亲缘关系进行反复调整，直至找到理想的保守区域。有了保守区域，下一步就是借助Primer 5.0等专业软件。将比对得到的序列导入软件，利用简并核苷酸表示法（如R=A/G, Y=C/T等）确保引物设计落在保守区域...

大家正在搜

前引物和后引物 qpcr引物设计 pcr扩增的引物是什么什么需要引物引物是什么 pcr为什么需要引物 pcr的引物 pcr为什么要两种引物保守的

RT-PCR设计引物，如何找到目的基因的保守区？

求助保守序列查找，引物设计

保守序列在目的基因内，但是引物为什么在保守序列

我想问找到保守序列后如何设计引物及其步骤是什么？

怎么样确定一段DNA序列的保守区域，通过什么比对，如何分析结...

设计qrt引物需要考虑基因的保守区和特异区吗

对于同物种中同源性较高的rna，怎么设计引物

设计兼并引物时,只比对十条序列找到保守区,这样的结果可靠吗?