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汗最初并不是某位“草原帝王”的专属，在铁木真一统蒙古之前，理论上蒙古各部的首领都可以被称为汗。而彼时的蒙古也如同“一盘散沙”，不仅没有统一的政权、统一的首领，各部之间相互攻伐也从来没有断绝过。在铁木真一统蒙古、建立蒙古帝国之后，“通天巫”阔阔出为铁木真从“长生天”那里求来了成吉思汗的名号。自此，铁木真成为了蒙古帝国的成吉思汗。而这，也是蒙古帝国大汗的由来。
此后，蒙古帝国大汗变成了唯一的“草原帝王”。但值得一提的是，铁木真虽然成了蒙古帝国的大汗，却没有像中原王朝的皇帝将“皇帝”二字“私有化”那样将“汗”字“私有化”，理论上铁木真之下的一些首领仍然是可以被称为汗的，例如铁木真分封的术赤汗国、察合台汗国等，其首领仍然是可以称汗的，甚至其下二次分封的首领也依然可以被称作汗，只不过他们不是蒙古帝国的大汗而已。
蒙古帝国的分崩离析
铁木真晚年心血来潮，学着中原王朝玩起了立储，将嫡出第三子窝阔台立为了汗储。可铁木真却没有学到中原王朝立储的真谛，在立储的同时铁木真又遵从“幼子守灶”的蒙古旧俗，在临终前将自己直属的军队、财产、百姓交给了嫡出幼子拖雷，祸根就此埋下！
窝阔台即位之后，借巫师之手除去了胞弟拖雷。但根据蒙古人的传承制度，拖雷手里的军队、财产、百姓却不会被充公，而是由他的儿子继承，拖雷系子弟仍然是蒙古帝国宗王中实力最强的一脉！窝阔台在位期间虽然不断在削弱拖雷系的势力，但拖雷系的实力依然不容小觑。窝阔台去世后，他的儿子贵由继承了汗位，但正式即位之后还没来得及继续削弱拖雷系的势力、没多久便去世了……
贵由死后，嫡长房术赤的儿子拔都支持拖雷系争位，拖雷系更是“全家总动员”、连拖雷的遗孀唆鲁禾帖尼都亲自出马了！最终，拖雷系想方设法凑齐了忽里台大会的法定人数，拖雷的嫡长子蒙哥被推举为蒙古帝国的新任大汗。这次大宗转移直接导致了察合台系、窝阔台系与拖雷系的离心，察合台汗国、窝阔台汗国与后来的元王朝渐行渐远，走向了事实独立。拔都去世之后，术赤系的钦察汗国也开始与元王朝分道扬镳、走向了事实独立。最后，连拖雷系自己建立的伊儿汗国也在旭烈兀死后走上了事实独立之路。自此，元王朝的皇帝只剩下一个蒙古帝国大汗的虚名和四大汗国名义宗主的地位……
但是，有一点必须明确，元王朝的皇帝名义上仍然是蒙古帝国的大汗！元王朝的历代皇帝都拥有蒙古帝国大汗的汗号，如元世祖忽必烈的“薛禅汗”、元仁宗爱育黎拔力八达的“普颜笃汗”等等。即便是元王朝作为大一统王朝的最后一任皇帝元顺帝妥懽帖木儿，也同样拥有蒙古帝国大汗汗号——“乌哈噶图汗”。
北元政权的分裂
明洪武元年，明将徐达攻陷元大都。此前，元顺帝妥懽帖木儿率元宗室、后宫、群臣，带着成建制的军队“主动退却”、回到了蒙古故地，史称“北元”。虽然大一统的元王朝被明王朝取代了，但元王朝和蒙古帝国并没有灭亡，它仍然是存在的，元顺帝也仍然是北元政权的皇帝和蒙古帝国的大汗。
北元天元十年、明洪武二十一年，明将蓝玉获得捕“鱼儿海大捷”，元顺帝的孙子脱古思帖木儿兵败后在逃往哈拉和林途中被部将也速迭儿缢杀，出身“黄金家族”的蒙古帝国大汗自此沦为了任权臣摆布的傀儡，蒙古各部也纷纷独立。虽然后来出现了所谓“达延汗中兴”，但“黄金家族”早已辉煌不再！虽然“达延汗中兴”确保了蒙古帝国大汗的名号仍然在“黄金家族”手中，但随着分封的继续，“黄金家族”早已一盘散沙，根本无力恢复祖先的辉煌与荣耀了，更加无力再统一蒙古各部。
末代蒙古帝国大汗林丹汗
明万历三十二年，末代蒙古帝国大汗林丹汗即位。平心而论，这位大汗并不是无能之辈，更加不甘心平庸！即位之后，林丹汗便清楚地认识到女真人对蒙古各部的觊觎，开始企图重新一统蒙古各部。但做起来谈何容易？在对蒙古各部长期的吞并战争中，林丹汗自身的实力也受到了沉重的拖累。更重要的是，在林丹汗的“统一攻势”下，许多蒙古部族出于自保选择了通过政治联姻等方式归附女真！著名的孝庄文皇后博尔济吉特氏家族就是在这个时候归附女真的。最后，林丹汗非但未能一统蒙古各部，反倒是成了女真人的首要打击目标。
后金天聪六年，清太宗皇太极会同归附的蒙古各部共击林丹汗，林丹汗不得已只能放弃归化城（今呼和浩特）西逃，在逃往途中，林丹汗部众作鸟兽散……最后林丹汗只得率领少量随便逃往青海地区，两年后病死于青海打草滩。后金天聪九年，林丹汗的儿子额尔孔果洛额哲捧着元王朝的传国玺（不是传说中的传国玉玺）投降后金政权，名义上的蒙古帝国不复存在！
清朝皇帝为何兼任“蒙古大汗”
首先我们必须明确一点，清朝皇帝兼任的并不是蒙古帝国大汗。因为自额尔孔果洛额哲投降之后，蒙古帝国便不复存在了。同年，清太宗去汗号称帝，改国号为清、改元崇德。作为一个王朝，清太宗不可能容忍蒙古帝国的名号继续存在！否则外藩蒙古岂不是成了国中之国？
既然清太宗不是蒙古帝国的大汗，那么他的“蒙古大汗”身份又是从何而来呢？首先，末代蒙古帝国大汗林丹汗的儿子投降了后金，理论上后金政权包括后来的清王朝全盘接受了蒙古帝国的一切、包括汗位。其次，毕竟外藩蒙古和清王朝纳入八旗编制的八旗蒙古还是有区别的，某种程度上它更像是“外藩”，尤其是外扎萨克，清王朝的手还伸不到那么长！作为蒙古各部共同的宗主，清太宗必须有一个站得住脚的名分以确立对清王朝外藩蒙古地区的主权。
最终，在蒙古各部的“共同拥戴”之下，清太宗被尊为了蒙古各部共同的大汗，上汗号博格达彻辰汗，事实上取代了原蒙古帝国大汗的地位。后来，作为清王朝对外藩蒙古、尤其是外扎萨克拥有主权和宗主地位的象征，清王朝皇帝“蒙古大汗”的身份被继续保留了下来，直到清亡一直如此。甚至连清王朝的末代皇帝溥仪也是拥有“蒙古大汗身份”的，汗号为哈瓦图猷斯汗。
综上所述，清王朝皇帝兼任“蒙古大汗”已经不是铁木真时期的那个所谓蒙古帝国大汗了。其更多地是宗主地位和主权的象征，代表着清王朝对外藩蒙古各部、尤其是鞭长莫及的在扎萨克拥有绝对主权！除了这个大汗的名分，还有乌里雅苏台将军的设置，并不是为了“镇守外蒙”，乌里雅苏台将军手里那点儿兵力根本无法镇守。说到底，同样是主权的象征！正式因为有了清王朝皇帝“蒙古大汗”的这个身份，作为清王朝继承者的民国北洋政府后来派出徐树铮收复外蒙才名正言顺、师出有名！
在明朝将元朝蒙古人赶往漠北后，元朝蒙古人逃亡漠北故地，元朝的一班人马仍在史称北元。同时蒙古人除北元外，在中亚、欧洲还存在有几大汗国。历史发展到了明朝末年，蒙古因为内部问题纷争不断，而明朝也国力衰微，后金却乘势崛起，有人用明亡清兴来概括当时东亚中国的形势。此时的蒙古草原，虽然披着蒙古帝国的外衣，但诸侯割据，互不买账各自为战。作为神圣蒙古大汗的林丹汗继位后，蒙古诸部并不服气，不承认林丹汗汗位。此时林丹汗继位后又与蒙古诸部在宗教信仰上发生矛盾。原初林丹汗信仰的本是藏传佛教中的黄教，但在他26岁那年，在青藏高原一位红衣活佛的教导下，改信藏传红教。此后，林丹汗开始大兴土木，大肆兴修红教寺院，意图将整个蒙古变成红教天下，遂引起蒙古诸部不满，引发战争。
此时后金努尔哈赤借蒙古内部纷争之际，乘势统一了女真各部，建立了后金，后金势力崛起。原来东北的女真人一直受蒙古人统辖，看到后金有势不可挡之势，林丹汗既有武力统一蒙古各部企图，也有联合明朝打击后金努尔哈赤势力的想法。林丹汗对蒙古诸部的统一战争进展顺利，诸如蒙古科尔沁部、土默特部两个最强大部落都被打败归顺。但在明朝万历47年，林丹汗指令科尔沁部、喀尔喀部与后金努尔哈赤进行战争，结果出人意料的是努尔哈赤大胜。
明朝皇帝此时希望借助林丹汗军事实力联手阻止努尔哈赤后金的崛起，但林丹汗不知是出于对中原明朝的疑虑，还是出于蒙古人与汉族人历史恩怨原因，竟然没有答应，导致林丹汗在蒙古诸部与后金的对峙中怨声载道，声望大降。处于自保，加上原有矛盾，喀尔喀蒙古等五部落与后金建立了同盟关系。气急败坏的林丹汗派兵攻打喀尔喀蒙古诸部，却不料导致蒙古其他诸部的追随者纷纷倒戈投降后金1628年即明朝崇祯元年，清天聪二年，林丹汗率军与蒙古喀喇沁鄂尔多斯诸部联军激战，结果兵败继而又在对阵后金军队和漠南蒙古诸部联军战斗中被打败1631-1632年林丹汗与后金皇太极率领的军队在西拉木伦河的军事战役中大败，被迫西逃1634年死于现今甘肃民乐县东南部的大草滩。
林丹汗死后，其子额哲被后金追杀，走投无路只好于1635年投降后金，不得已献出元朝皇帝传国玉玺。原有漠北蒙古诸部都归顺后金1636年，漠南蒙古16部46个领主先后归顺后金，皇太极顺理成章继承蒙古大汗汗位，成为博格达彻辰汗建立国号大清。从皇太极一直到末代皇帝溥仪共11帝，大清皇帝始终都是蒙古人的可汗。