清朝与明朝的立国基础不同，明朝是“驱逐鞑虏，恢复中华”，其本身是一个汉民族政权，对蒙古人只是驱逐；而清朝则不同，清朝是满蒙汉一体（比如其八旗兵既有满八旗，也有汉八旗和蒙八旗），尤其是满蒙一体是清朝的立国之基。
1，清朝取得对蒙古的宗主权尚在入关之前
公元1635年，当清朝还是后金的时候，皇太极便击败了漠南蒙古的林丹汗，这是大蒙古国的最后一任大汗，虽然事实上只能统领漠南蒙古，但名义上仍是整个蒙古的大汗。
这一年之后，林丹汗的儿子将传国玉玺交给皇太极，从此皇太极兼任蒙古大汗，此后清朝的皇帝便也是蒙古人的大汗，满蒙一体的格局开始形成。
2，康熙帝征服漠北蒙古
明清之际的蒙古人分为三部:漠南、漠北、漠西。漠南即内蒙，漠北即外蒙，漠西蒙古则在西域。
清朝皇帝成为蒙古人大汗之后，漠北蒙古后来承认了这一事实，以1691年的多伦会盟为标志，康熙帝将漠北蒙古纳入了帝国版图。
可是，漠西蒙古，尤其是其中的准噶尔部不承认清朝的宗主国地位，准噶尔部的噶尔丹甚至有一统蒙古、重现成吉思汗辉煌的志向，这与清朝便产生了不可调和的矛盾。
3，清朝向西，准噶尔向东
在清朝皇帝眼中，不承认自己宗主国地位的准噶尔汗国无疑是叛乱；而从准噶尔的角度来说，一统蒙古便首先要向东拿漠北蒙古开刀。
于是，接下来朝只有战争，这便是康熙帝一定要亲征噶尔丹的原因所在。
满蒙一体的历史格局，至清朝灭亡也不曾改变，所以清朝是不会放弃蒙古三部的。
4，清朝一统蒙古三部用了120多年
康熙帝虽然击败了噶尔丹，但准噶尔汗国并未灭亡，后来甚至又卷土重来。
至公元1759年乾隆年间，清朝才彻底灭了准噶尔汗国，并将准噶尔部屠戮殆尽，客观上使西域变成了“回疆”。
公元1635-1759年，124年的时间，历皇太极、顺治、康熙、雍正、乾隆五代帝王，蒙古三部最终全部纳入了大清帝国的版图。
因此，清朝一定要灭准噶尔汗国的原因是其满蒙一体的国策所决定的，而准噶尔汗国想要恢复蒙古祖上辉煌的梦想则注定了二者只能刀兵相见。