你好，我想设计一个基因的某个区段的特异性引物，用以该基因的PCR，请问我该怎么做？

Question

如题所述

Answer 1

去NCBI找到这个基因的序列，然后找到你需要的那个区段，在它上下游不改变阅读框的地方设计引物，正向引物在正义链，反向引物在互补序列里设计。20~25bp为宜。
工具的话，可以用到在线设计引物的primer3追问

什么叫不改变阅读框的地方设计？用过primer BLAST 吗？哪个比较好用？

追答

你只要几个基因内部的一部分序列对吗？要干什么用？只要是表达用，就要不改变阅读框，也就是要从起始密码开始往后数三的倍数才行。
软件各有千秋，我个人喜欢用肉眼直接看出来，然后用软件比对好不好。因为用软件设计出来的，也要适当前后挪动修改的

Answer 2

取决于你克隆基因是为了干嘛？如果我要是把每种情况都列举出来，那得讲好多字。不同目的的基因扩增设计引物的策略也不同。但有个核心原则是：尽量在保守区设计引物。

Answer 3

最关键的是完全匹配。碱基数一般20-25bp。