农民合作社存在的问题有：规模较小、龙头企业较少、人才缺乏等方面；针对存在问题提出的建议有：加强扶持力度、强化培训、创新培育模式等方法。
1、规模较小
辐射较弱，供销社领办创办的68个农民合作社中，规模在100人以上的不到10个，被评为全国供销合作总社示范社的有4家，被评为省供销合作社示范社的有12家。除此外，其他大部分合作社的自身经济实力不强，整体经营规模不大，辐射带动能力不强，对农户的带动不足。
2、龙头企业较少
品牌知名度弱，农民合作社进入市场的组织化程度较低，尤其表现在市场信息缺乏、品牌意识不强等方面，增加了开拓市场的难度，致使合作社的合作效益不高，难以获得突破。
3、人才缺乏
整体素质偏低，由于城镇化发展，农村青壮年大部分向城市转移，在农村懂技术、会管理、市场开拓能力强的经营管理人才缺乏。
4、加强扶持力度
充分发挥政策支持对加快农民专业合作社发展的促进作用，落实已出台的财政、税收等各项优惠政策，不断创新政策措施，发挥政策的激励效应，促进农民专业合作社发展。
5、强化培训
提升队伍素质。经常举办培训班，邀请能手专家对合作社负责人进行创办运营、财务管理、创新发展等相关知识培训，培育一批敢想敢干会干，具有现代农业理念的农民专业合作社带头人。
6、创新培育模式
坚持因地制宜，分类指导，鼓励“公司＋合作社＋基地＋农户”、“公司＋合作社＋农户”等多种发展模式，大力培育一批具有促进行业发展、保护行业合法权益、增强行业自律功能的新型农民专业合作社。
农民合作社的经营模式
在保持农村集体经济的基础上，农民自愿将土地入股合作社，合作社统一经营合作土地，比如出租或者自营。农民由原来的自耕自种的“小地主”，转变为收取红利的“股东”，不再参与农业生产与经营。形象地说就是：“土地变股权，农民当股东，有地不种地，收益靠分红。
土地合作社在我国目前的实践中还不是主流，一方面是因为大部分农业人口虽然不再从事农业生产，但依然把土地作为自己最后的保障，不放心把土地交给别人使用；另一方面，经营土地的方式方法需要进一步创新，不断提高土地的经济效益，以吸引更多的农户参与到土地合作社的运营中。