应由本人到发放工资所在地的税务机关进行申报，将二处工资合并计算应交个人所得税，扣除公司方已交数后补交差额数，如果发放单位属于不同税务机关的，任选一处即可。如果未自行申报的，税务机关可以追缴，本人还应承担相应的处罚。
《个人所得税法》第十三条
纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前，缴纳税款；税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。纳税人因移居境外注销中国户籍的，应当在注销中国户籍前办理税款清算。