个人所得税显示两个公司发工资，不需要补缴双份，只需要按照年综合所得来计算缴纳个人所得税就可以了。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第十三条纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。
居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。
关于个人所得税的其他规定。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十五条取得综合所得需要办理汇算清缴的情形包括：
（一）从两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元。
（二）取得劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得中一项或者多项所得，且综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元。
（三）纳税年度内预缴税额低于应纳税额。
（四）纳税人申请退税。
纳税人申请退税，应当提供其在中国境内开设的银行账户，并在汇算清缴地就地办理税款退库。
以上内容参考 国家税务总局——中华人民共和国个人所得税法
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