南京大学全日制本科生的学籍管理详细规定了课程考试与成绩的管理。学生在完成选课注册后，所修读的课程都会进行考试，成绩将被记录在成绩登记表并纳入个人学籍档案中。
考试方式多样，包括闭卷笔试、课堂小论文、读书报告、文献综述、操作考试以及口试等。成绩评定依据《南京大学关于考试改革的若干意见》进行，结合课内外作业和平时测验综合评定。必修课程采用百分制记分，选修课可采用五级评分制（优、良、中、及格、不及格）或百分制。五级制与百分制的换算标准明确。
课程考试成绩达到60分及以上即获得学分。学分绩的计算方法为：课程考分除以20乘以课程学分数。学期平均学分绩则以所有课程的成绩为准。毕业论文成绩采用百分制，同时附带指导教师的评语。
不及格的课程可以参加补考，补考成绩达到60分以上记为60分。若不及格，需跟班重修，重修成绩同样记入学籍档案，但需注明“重修”。不及格成绩不计入档案，但60至70分之间的成绩可以申请注销，费用按照副修课程标准收取。
体育课不及格的情况参照以上规定。体质健康标准的综合考评在学年末进行，结果记入《大学生体质健康标准登记卡》。学分管理严格，未能达到最低学分要求的学生可能面临退学。考试纪律要求严格，作弊行为将受到严肃处理。
《南京大学全日制本科生学籍管理细则》为了维护正常教学秩序，促进学生德、智、体、美全面发展，依据教育部2005年2月4日颁发的《普通高等学校学生管理规定》，结合本校实际情况，修定本学籍管理细则。本细则指分入学、报到与注册；课程、学分与免修；课程考试与成绩记载；转专业与转学；休学、复学与保留学籍；退学、试读；纪律与考勤；奖励与处分；毕业、结业、肄业；学士学位；出国学习；附则等项的规定。