南京大学全日制本科生的学籍管理有明确的规定。新生录取后，需按照录取通知书上指定日期办理报到手续。如有特殊情况不能按期报到，需提前一周书面请假，并附相关证明，假期不得超过两周。未请假将取消入学资格。
报到后，新生须在规定时间内进行体格复查。复查合格者可办理注册手续，不合格者则会取消入学资格。若经学校批准，可保留入学资格一年，但需回家治疗且自行承担治疗期间的费用。保留入学资格的学生需在两周内离校，否则资格将被取消。
保留入学资格的学生，如病情痊愈，需提供相关证明和决定，经过学校医院复查和学工处、教务处审批后，可于下一年度注册并参加新生课程。复查不合格或逾期未办理手续者，将失去入学资格。
新生入学后，学校会在三个月内进行政治和文化复查，只有注册并通过复查，才能正式取得学籍。若发现不符合招生条件，学校会根据情况处理，直至取消入学资格。对于涉及徇私舞弊的行为，将严惩直至追究法律责任。
每个学期开始，学生需按照校历规定时间到校，先到财务处缴费（学杂费和住宿费），然后到所属院系办公室办理报到和注册手续。未能如期注册者需履行请假手续，否则将被视为旷课。未按规定交纳学费或未办理报到注册手续者，同样视为旷课。未经请假逾期两周不注册的学生将被视为自动退学。
《南京大学全日制本科生学籍管理细则》为了维护正常教学秩序，促进学生德、智、体、美全面发展，依据教育部2005年2月4日颁发的《普通高等学校学生管理规定》，结合本校实际情况，修定本学籍管理细则。本细则指分入学、报到与注册；课程、学分与免修；课程考试与成绩记载；转专业与转学；休学、复学与保留学籍；退学、试读；纪律与考勤；奖励与处分；毕业、结业、肄业；学士学位；出国学习；附则等项的规定。