黄曲霉毒素污染严重的饲料应该废弃。对轻度污染的饲料，经适当处理后可以达到饲用标准的可以利用。主要的脱毒方法有以下几种。
（1）剔除法
即把饲料中有霉变的部分挑除。毒素主要集中在霉坏、破损、变色及虫蛀的粮粒中，将这些变质的粮粒挑选除去，可使饲料毒素大大降低。适用于秸秆、颗粒饲料的去毒处理。
（2）碾轧加工法
毒素污染粮粒的部位主要在种子皮层和胚部，因此，通过碾轧加工，除糠去胚，可减少大部分毒素。
（3）水洗法
用清水反复浸泡漂洗，可除去水溶性毒素。有的霉菌毒素虽然难溶于水，但因毒素多存在于表皮层，反复加水搓洗，也可除去大部分毒素。
（4）吸附法
白陶土、活性炭等吸附剂能吸附霉菌毒素。如用白陶土吸附法可将植物油中的黄曲霉毒素吸附除去。
（5）化学药物去毒法
用碱处理植物油中的黄曲霉毒素，可使其结构破坏而去毒。国内外也有利用氨破坏棉籽或玉米中的黄曲霉毒素。如石灰水浸法：先将玉米等大粒发霉饲料粉碎成直径1.5～5毫米的小粒，然后将过120目筛后的石灰粉按0.8%～1%的比例掺入发霉饲料中，然后将掺入石灰粉的料和水按1∶2的比例倒入容器中搅拌1分钟，然后再静置5～8小时，将水倒出，再用清水冲洗2～3次，一般去毒率可达91%以上。
（6）微生物去毒法
筛选某些微生物，利用其生物转化作用，将霉菌毒素破坏或转变为低毒物质。近年，发现乳酸菌、黑曲霉、米根霉、葡萄梨头菌、灰蓝毛菌、橙色黄杆菌等对去除粮食中的黄曲霉毒素有较好效果。