秦始皇绝对是被中国古代史上被黑的最惨的皇帝之一。秦朝作为一个短命王朝，短短几十年亡国，而汉朝作为推翻秦朝的大一统王朝，有足够的理由和动机抹黑秦朝。
一、秦朝以法立国，主张以严刑酷法巩固皇权，维护君主专制；汉朝罢黜百家、独尊儒术，更推崇德治，汉朝以后的封建王朝也基本以儒家思想作为统治工具，他们都跟秦朝的以法立国处于绝对的对立面；秦朝的法律的确以严刑酷法著称，但是乱世需用重典，这种残酷的司法体系与当时的社会大环境是分不开的。
史学家们常常将秦与汉进行比较，认为秦法不合“圣人”的统治思想，过于残暴。实际上，由于汉承秦制的缘故，汉朝同样继承了秦朝严酷的法律体系，对比一下秦律和汉律，其实没有本质区别，如果秦始皇是暴政，那汉朝也是暴政。如果说两者有不同之处，只能说汉朝在统治思想上更强调德治，突出了儒家“仁”的思想，而一旦披上了儒家思想的外衣，也就能够符合两千多年封建知识分子的认知，这其实正是封建知识分子的劣根性。
二、按照古代“君权神授”的封建思想：秦始皇出身贵族，以经天纬地之才吞并六国，统一华夏，正是天命所归；而汉朝创始人刘邦一介布衣，起兵反秦建立汉朝，属于以下欺上、大逆不道，不符合正统，为了确保汉朝建国的合法性，汉朝必须抹黑秦朝，不惜一切把秦始皇塑造成暴君的形象；事实上，最初陈胜吴广起兵的理由“失期，法皆斩”，这个说法根本就站不住脚。按照秦律，徭役迟到最大的惩罚是一套铠甲，违命不遵也不过是罚两套铠甲，也就是说，陈胜吴广说的“失期，法皆斩”根本不存在，这不过为了起兵造反而找的借口罢了。
三、秦始皇的“焚书坑儒”本身不过是坑杀了一群不学无术、坑蒙拐骗的术士，汉朝出于政治上的考量，经过艺术加工，将其演绎为秦始皇坑杀儒生，成功地激起了后世封建知识分子（主要以儒生为主）的共鸣，把秦始皇永久地推向了封建知识分子的对立面，以致于后世的读书人对于秦始皇始终不能保持一个客观公平的态度；
四、汉朝为了抹黑秦始皇，甚至不惜在他的出身上面做文章，司马迁在《史记秦始皇本纪》中明确地记载了秦始皇的出生时辰和细节，所有的描写都指明他出生很正常。而在《史记吕不韦列传》中，司马迁却又故弄玄虚地描写了一个骇人听闻的故事：吕不韦把自己已经怀孕的歌姬怀孕送给秦异人，秦异人傻不拉几的让这个儿子生下来当成自己的，后来传位给他，这个儿子就是秦始皇。事实上，这种可能性微乎其微，封建王族比普通百姓更重视血统，为了确保血统纯正，对王族的生活起居都是严格登记的，这种人为造假王族血统的可能性几乎不存在。
况且在吕不韦列传里，为了让人们相信秦始皇确实是吕不韦的私生子，不惜把违背常理把秦始皇写成了晚产儿。我们根据现在的医学常识可以得知婴儿有可能早产，但晚产根本不可能。黑人黑到这个地步，还有底线吗？但这么明显的矛盾和破绽居然出自史学大家司马迁之手，所以我们有理由相信，这实际上是司马迁作为一个有良知的史学家出于自身的职业操守，而故意设计的一个破绽。
所以说，秦始皇并没有想象中那么残暴，既没有大杀开国功臣，也谈不上暴政酷法，如果说秦始皇有缺陷，只能说他没有民本思想，不注重底层人民的生死，而自己又死得太突然，太过于自负，没有确定好接班人，以致于秦朝二世而亡，没有实现千秋大业。