1.从行政级别上来讲，特区属于副省级城市，深圳的市委书记是广东省的副书记，而直辖市属于省级城市，相当于一个省，市委书记与省委书记在行政级别上都是平级的（党内的话还有政治局委员之类的排名就不一样了，我们只考虑行政层级）。
2.现在经济特区已经不再归中央管了，已经下放到地方了，但是作为经济特区还是有一些比普通城市多的权利，比如有立法权，享受国家的一些优惠政策等等；而直辖市一直都是属于中央直接管辖，他的权力肯定不会比经济特区少。
3.至于为什么设立经济特区，主要是当时改革开放需要试点城市，现在已经加入WTO了，经济特区也不怎么特了，全国都开放嘛，到处招商引资的:-)，所以现在的经济特区基本已经名存实亡了，没有多少实际意义了，只是个副省级城市跟大连、青岛一样，只是留下了改革开放排头兵的历史烙印而已。
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