这句话不同的语气读出来效果不一样，但无论如何都是一个
反问句，但意义不同：
在此之前要先明白反问句虽然其成句形式是
疑问句，但是其含义是肯定句，例如“难道我会害怕吗？”，虽然是问句，但很明显它要表达的意思是一句肯定句，为“我不会害怕”。为了加强语气，使用反问句，在这里，既然是反问句，那么问句中的字面意思与事实就是相反的，即事实为“我不会害怕”，反问句中字面意思为“我会害怕”，加上疑问助词“难道”，就成了反问句。
1、全句无重音。
这种情况下，“不是”表示否定，“不是”与“没有”双重否定，表示肯定，所以在此情况下“不是没有吗？”=“怎么会有呢？”。
例如以下场景：每次都有考试，小明很烦，小强告诉他明天没有考试，小明很高兴，但是第二天却有考试，小明质问小强：“不是没有（考试）吗？”或者“怎么会有（考试）呢？”此处，在小明的认知里，第二天按理说是没有考试的，但是却有考试，与小明的意愿相违背，之前我们说反问句在含义上是肯定句，那么这里也可以换成“今天应该没有（考试），（但是实际上有）”很显然，如果小明告诉小强这句话，语气不够强烈，特此提出反问句加强语气。
2、“不是”快读，重音在“没有”上。
这种情况下，“不是”完全属于承接性质的语气助词，常用在开头 ，用来表明自己的语气或者引出自己的话，没有实际意义。一些时候表示惊讶，加强语气。
例如以下场景：甲乙两名社会小混混相遇，甲说：“以后你的地盘一半是我的！”，乙说：“不是，你什么意思啊？”。在这里“不是”是语气助词，无含义，所以去掉“不是”，原句意思是没有变化的。一般情况下，
北方地区连音吞音较重，“不是”读作“bur”或“ber”，北京地区
儿化音较明显，可能读作“不儿你什么意思啊？”
说回到原句，“不是没有吗”，如果“不是”读成了“bur”、“ber”、“不儿”的话，那么它就变成了无含义的
语气词，原句“bur没有吗？”可以精简为“没有吗？”，虽然依然是反问句，但是“没有吗”在这里表示为发问人认为“本来应该有，但是却没有”，反问即“没有吗？”，这里反问句可以等同于“难道没有吗？”或“怎么会没有呢？”。
总结：第一种情况，“没有”是有具体含义的，即表示否定，如果去除的话，所要表达的含义就会相反，第二种情况下，“没有”无具体含义，是否删除不影响后续语句的含义，但语气会有所变化。
一般在生活中，大家对话中带有语气在里面，听者可以很容易分辨出是什么意思，但是当书写的时候就会遇到问题，平时非正式的情况下，例如和朋友在微信上聊天，当表达第一种意思时，可以发送“不是没有吗”，表达第二种意思时，可以发送“bur没有吗”或者“不是 没有吗？”，即将“不是”和“没有吗”之间打上空格，或者干脆分开两条消息发送，这种情况也不会出现混淆。但是如果是正式的书面用语，例如文学著作，小说中，显然“bur没有吗”或者“不是 没有吗”这样的书写都是不行的，因为不符合书写规范，但是在这些著作中，一般情况下作者也不会使用太过口语化的方式写作，使用书面语时，第二种情况中的“不是”也可以写作“啊？”，即“bur/ber/不儿/不是 没有吗”=“啊？没有吗？”，虽然少了点“接地气儿”，但是书写上相对正规。所以题主想要知道到底是什么意思，还是需要结合语境，结合上下文做分析。