张献忠血洗四川这个历史基本上是属实的，但是如果说他从一开始入城就打定主意要血洗四川，不留活口，这样的说法也是不准确的。
其实从张献忠经营四川的第一年来看，“屠蜀”是不符合事实的。因为张献忠避而入川的本意是“以巴蜀为根，然后兴师平定天下”。既然是抱着这个目的，再下令屠城也就不是很合理了。所以早期入川的时候，比较注意团结当地局面，打击的对象只局限于与大西政权为敌的官绅，并不是滥杀无辜，在遇到顽强抵抗者如重庆、成都士兵们，则下令“割耳鼻、断一手”，以一儆百，以便瓦解四川明军。
攻下城池以后，也并没有开始实施大屠杀，根据一些当时的传教士的记载，早期大西政权中还有很多人就是来自于四川。无论怎样都得承认，“大西军占领四川的初期，各地社会秩序比较稳定，地主豪绅既有攀龙附凤之心，又慑于大西政权的兵威，阶级冲突并不十分尖锐。
然而，这种还算比较太平的状况在1645年明总兵曾英击败大西军攻占重庆之后就发生了巨大的转变。因为重庆的失守对于张献忠来讲不仅仅是一次军事上的失败，鉴于明朝将领据有綦江、黎雅、叙州（宜宾）等重镇，四川南部沦为弘光政权伙同四川官绅地主颠覆大西政权的重要基地。
当时为了防范奸细，推行了严格的户籍、城禁以及特务制度。大西军别的粮食也是通过没收等暴力方式获得。对于大西政权来讲，当地最主要的敌对势力就是官绅，所以张献忠在1645年的时候就举行了“特科”，来成都参加考试的各府县生员约5000多人全部杀光。
在听说自己委派的官员被当地人杀害之后，怒不可遏，派军队对当地居民、僧道、医卜、阴阳诸流以及流民等等实施屠杀。之后就开启了杀人机器，因为怀疑叛乱分子潜藏在称重里应外合，就做出了“除城尽剿”的决定分遣军队到所属州县搜杀百姓，连西京成都也不放过，《圣教入川记》中，详细记载了西方传教士目睹张献忠下令将成都“城内居民一律杀绝”的残酷情形。