有害生物，如病原菌、寄生虫等，主要源于生活污水、医院污水、肉类加工废水、未经处理的垃圾和人畜粪便，以及大气中的飘浮物和气溶胶。这些污染物对人类和动物的健康构成威胁，能引发消化系统和呼吸系统疾病，如溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌可能导致创伤和烧伤，而花粉、毛虫毒毛和真菌孢子等则可能引发呼吸道、肠道和皮肤问题，成为大气变应原。
病原微生物在不同环境中的存活时间各异，受水质、温度、pH值等条件影响。例如，沙门氏菌在营养丰富且水温较低的环境中存活时间较长，志贺氏菌在清洁水中比污水中更耐久；霍乱弧菌在杂菌多且pH低于5.6的水中无法生存；病毒通常在低温环境下存活较长。微生物在空气中的生存受湿度、温度和光照等因素影响，一些具有孢子或芽孢的微生物能在空气中持久存在。
土壤中的病原虫和寄生虫则依赖于土质、水分、温度、pH值，以及是否存在中间宿主等因素。食物中微生物的生存条件多种多样，取决于其种类和外部环境条件。氮、磷等物质导致的水体富营养化，使得藻类和其他水生生物过度繁殖，这也构成了一种生物污染现象。
对人和生物有害的微生物、寄生虫等病原体和变应原等污染水、气、土壤和食品，影响生物产量，危害人类健康，这种污染称为生物污染。