大概的问题有以下几个：
1.清音、浊音、鼻浊音
2.u行元音
3.元音清化
4.促音、拗音
5.跟s有关的舌叶音问题
6.ha行
7.r
8.拨音
1.清音、浊音、鼻浊音
清、浊辅音的区别是靠声带的振动，清辅音本身声带不振动，所以振动主要靠元音体现。而浊辅音本身即有声带振动，而且在爆破发音前即开始振动。
送气与不送气是与之无关的区分特征，一般的汉语里只有送气与不送气的区分，没有浊音。
日语只区分清浊，送气与不送气没有区分的意义，清音在词头就很自然地送气，在词中就不送气。
爆破音其实分四种，送/不送气*清/浊，一般的语言只有其中的两或三种。
自己体会一下：
汉语拼音中，p是送气清音，b是不送气清音。
英、德语中，p是送气清音，b是浊音。
法、西、意语中，p是不送气清音，b是浊音。
希腊语中，φ是送气清音，π是不送气清音，β是浊音。
梵语、泰语中，ph是送气清音，p是不送气清音，bh是送气浊音，b是不送气浊音。
日语、俄语只区分清浊，不区分送不送气。
鼻浊音的定义是，ga行的g在词中时要读成ng，如まぎ读ma ngi.
用ng做声母对北方人来说可能有些难，可以参考陕西话中“我”（nge）的发音，或山东话中“俺”（ngan）的发音。
2.u行元音
日语的元音“u”，实际的音标是[щ]，即扁唇u，与其它语言的u有区别。
发音方式是在[u]的基础上，把嘴唇放平。
因此す（su）和つ（tsu）的实际发音接近汉语普通话的“斯”“资”。
3.元音清化
平时发元音时声带振动，但耳语时声带基本不振动，只有口型，这就是清化了的元音。
至于具体哪些假名清化，与方言、口音有关。
标准日语（关东）的清化规则如下：
元音i, u的前后是清辅音k s t f p等时：
例如 月 つき tsuki 的 u ，菊 きく kiku 的 i.
k s t f p 等清辅音连续出现，元音 i u 位于词尾并且自身不重读时：
ありますarimasu 的 u ，胜つ katu 的 u ， 苇 あし ashi 的 i.
偶尔元音 a e o 也出现清化现象。
4.促音、拗音
促音，即南方方言的“入声”，相当于闭音节，在日语中也是停顿一拍的标志，如きって拼作kitte，即发完ki之后做出t的口型，停顿一拍，再发te.
拗音没什么特别的，日语中原本没有“kja”“bjo”之类的发音，是奈良朝之后加入的，日本人觉得拗口，所以称为“拗音”。
5.跟s有关的舌叶音问题
し（shi）和ち（chi）的发音称为“舌叶音”，类似汉语拼音的“xi”“ji”，在粤语里可以找到对应音。
但ち是清音，在词首的时候要送气，所以经常被误认为“qi”。
至于对应的浊音，也同理，汉语中没有对应音，只能自己慢慢总结。
6.ha行
ひ（hi）和ふ（fu）的发音比较特别，音标是[çi] [фu].
[çi]的发音介于汉语拼音“xi”“hi”之间，发音部位是舌面-硬腭。
[фu]的发音是双唇擦音，类似吹蜡烛的声音，双唇略靠近，使气流发出摩擦音。
7.r
ra行的辅音是舌尖闪音[r]，类似汉语的[l]，但并非像汉语一样能持续发音，而是舌尖在上齿龈迅速地点一下，发出“r”的一声。
8.拨音
ん发鼻音，单个的正规发音是小舌鼻音[-N]，即比-ng还靠后的鼻音。
但在词中要随着后面的辅音而改变：
后接双唇辅音（p m w）时，发双唇鼻音[-m]；
后接舌尖辅音（s t r）时，发舌尖鼻音[-n]；
后接舌根辅音（k）时，发舌根鼻音[-ng]；
其余情况，仍发小舌鼻音[-N]。
参考资料：http://hi.baidu.com/kjm2bsk/blog/item/82e3f78f282fdefd503d92c8.html