不算的，经济补偿金基数不包括年终奖;年终奖是一种福利,不属于工资性质,所以一般是不能计入的。经济补偿金的计算基数是12个月的平均应得工资，应得工资包括：单位代扣代缴的社保、住房公积金应包含在经济补偿金计算基数中。津贴、补贴、奖金、加班工资、特殊津贴等应计算在计算基数中。如果劳动合同中约定年终统一发放十三薪（不附带兑现条件），那么十三薪属于年终工资收入，应计算在“前12个月工资”之中。
年终奖和13薪有以下几个方面的区别:
1、性质不同。在实际操作中，年终奖是企业根据全年经营情况和员工的全年绩效考核评定，向员工一次性发放的奖金，根据绩效考核评定不同，奖金数额也不同。而13薪是属于工资的一部分。如果企业有发放13薪的规定，那就必须要在约定时间发放。
2、发放时间和额度不同。年终奖与企业的经营状况以及员工的绩效评定相关，级别越高、年终奖金额就会越大。同时，年终奖的发放时间也根据企业自己的情况进行调整。而13薪的发放数额则是员工一个月的工资，同时，13薪的发放时间一般都是年度最后一个月。
3、税收方式不同。年终奖方法为: 应纳税额=年终奖x适用税率- 速算扣除数。而13薪则一般采用合并计税的方式，计算方法为:应缴纳税额= (工资+双薪 - 个税起征点) x税率。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》
第四十六条
有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条 规定解除劳动合同的；
（二）用人单位依照本法第三十六条 规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
（三）用人单位依照本法第四十条 规定解除劳动合同的；
（四）用人单位依照本法第四十一条 第一款规定解除劳动合同的；
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条 第一项规定终止固定期限劳动合同的；
（六）依照本法第四十四条 第四项、第五项规定终止劳动合同的；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。
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