一、性质不同
1、菩提根不是树根，而是一种叫做贝叶棕的种子，表面粗糙有花纹，里面是白色的。经过长时期的盘玩会变成黄褐色。是制作念珠的佳品。菩提根打磨后，遇水会产生酸酸的味道，随着盘玩包浆，味道会逐渐消失。
2、菩提子（物名）指西藏语之Bodi－ci果，可以作数珠，并非是菩提树所结的果实，而是草本植物川谷草草籽，校量数珠功德经曰：“若用菩提子为数珠者，或用掏念，或但手持数诵一遍，其福无量。”见数珠条。
二、外型上
1、菩提根是种子，是圆形的，尺寸大，表面粗糙，磨开是洁白的肉。
2、菩提是果核，是三角形的，像蒜瓣一样，尺寸较小。
三、月眼不同
1、菩提根和菩提成品珠颜色都是洁白如玉，看起来十分相似，菩提根偏米黄，半透明，白玉菩提偏奶白，实心不透明。
2、菩提根是实心、厚实的感觉，菩提根是通透、透亮的感觉。菩提根没有月眼，而白玉菩提有月眼和月牙，且由于是天然生成，月眼和月牙无规则，和星月菩提一样。
3、菩提根无月眼；有一些菩提根也有月眼，但是人工打上去的，月眼规则，且没有月牙；菩提有月眼月芽，且无规则。
参考资料：百度百科-菩提子
1：植物区分菩提根与菩提子
菩提根与菩提子分别产自不同的植物。菩提根是油棕的果实，而菩提子则是贝叶棕的树籽。
2：产地区分菩提根与菩提子
菩提根的产自主要分布在非洲、马来西亚、印尼和我国南方，而菩提子的产地主要是印度、斯里兰卡等热带地区，我国云南省也有种植，据说几十年才开一次花，结一次果。
3：颜色区分菩提根与菩提子
菩提根表面有粗糙的花纹，里面是白色的，长时间把玩的话会变成黄褐色。而菩提子刚开始的时候外面的油棕外皮是黑褐色，切开里面是的肉类似白玉、质感坚硬光滑有色泽。因此，从颜色上非常好区别菩提根与菩提子。
4：月眼区分菩提根与菩提子
菩提子与菩提根的月眼形状不一样。菩提子的月眼是天然形成的像星月一样，形状大小不一，因此非常的自然。而对比起来，菩提根的月眼因为是人工的，因此规则的原形，而且没有月牙。
5：外观区分菩提根与白玉菩提
新的菩提子表面有磨砂感，感觉与星月新串差不多。而菩提根的表面比较光滑，触摸起来有点像树脂一样粘稠。
6：重量区分菩提根与白玉菩提
盘玩过菩提根与菩提子就会知道，当相同体积的两个菩提拿在手上掂量的时候，可以明显的感觉到菩提子的密度要比菩提根的密度小一点。
扩展内容：
菩提根，首先声明菩提根不是树根，是种子。是一种常绿乔木，叫贝叶棕。原产印度、斯里兰卡等亚热带国家。几十年就开一次花，结一次果。然后就“壮烈牺牲”了。
菩提根未剥皮的时候表面粗糙有花纹，里面是白色的肉。经过长期的盘完会变成棕红色。市场上卖的新的籽如果是红色、紫黑的都是染色的结果。
菩提子不是种子，而是一种叫“油棕”的植物果核。油性大，特点如其名，温润如玉，佩戴有凉凉的感觉。
参考资料：
1：菩提子·百度百科
2：菩提根·百度百科
本回答被网友采纳菩提子包含了菩提根。菩提子种类繁多,菩提根只是菩提子的一种。菩提根也就是贝叶棕的种子。
菩提根不是树根，而是一种叫做贝叶棕的种子，属于菩提子的一种。菩提根经过长时期的盘玩会变色，经过更长的时间长也可能开片，是制作念珠的佳品。现在市场上有另外一种名叫白玉菩提的菩提子是容易被大家和菩提根混淆的，这二者是不同的：菩提根是贝叶棕的种子，白玉菩提是油棕的种子，菩提根多年开花结果，白玉菩提年年开花结果。
晒干的菩提根中间会呈现空心状，原籽打磨后，遇水会产生酸酸的味道，随着盘玩包浆，味道会逐渐消失，干磨籽这种现象则会好许多，甚至不会出现味道。
贝叶棕属棕榈科，是一种常绿乔木，原产亚洲热带，它通常树高20米左右，长得高大、雄伟，树干笔直，浑圆，没有枝丫，树冠象一把巨伞，叶片象手掌一样散开，给人一种庄重、充满活力的感觉，是热带地区绿化环境的优良树种。
菩提子早已是一个通称了，总计有200-300种之多。不同植物的果实可以加工出同一种菩提，而同一种植物的果实做成的菩提子可能被冠以不同名字。
菩提根不是树根，而是一种叫做贝叶棕的种子，表面粗糙有花纹，里面是白色的。经过长时期的盘玩会变成黄褐色。是制作念珠的佳品。菩提根打磨后，遇水会产生酸酸的味道，随着盘玩包浆，味道会逐渐消失。
菩提子（物名）指西藏语之Bodi－ci果，可以作数珠，并非是菩提树所结的果实，而是草本植物川谷草草籽，校量数珠功德经曰：“若用菩提子为数珠者，或用掏念，或但手持数诵一遍，其福无量。”见数珠条。案菩提子一名川谷，一年生草。所在有之，春生苗，茎高三四尺，叶如黍，开红白花作穗，夏秋之间结实，圆而色白，有坚壳，如珐琅质。俗用为念佛之数珠，故名菩提子。木本者别为一种。中国惟天台山有之，谓之天台菩提。
其实现在很多能做成念珠都称为菩提子，因为菩提是觉悟的意思，念珠念佛可以使人觉悟，所以统称菩提子。本回答被提问者和网友采纳