跨区经营，用我的话说是公司注册地跟经营地不一致，如房地产公司，即是公司注册地跟不动产所在地不在同一区域。下面的是以内资房地产公司为例。
跨区经营，首先要开具外出经营管理证明。
跨区经营在缴纳税款时，每个月都要交防洪费（2010.7.1起广州0.1%），而一般的企业是半年交一次。即交营业税、城建、教育附件、防洪费。从2010年10月1号开始要按月交土地增值税，而且税率也提高：普通住宅2%，非普通**3%，车位别墅及商业楼4%，写字楼2%。以上5种税交不动产所在地所属税务管理局。另外，个税和印花税的征收权是注册地所属税务管理机关。企业所得税，从2009年1月1日起，对既缴纳增值税又缴纳营业税的企业，以缴纳的主体税种划分征管归属。难于划分的，原则上以工商登记注明的第一项业务为准，凡第一项业务属缴纳增值税的企业，其企业所得税由国家税务局管理；凡第一项业务属缴纳营业税的企业，其企业所得税由地方税务局管理。一经确定，原则上不再调整。如果是由地方税务局管理，则是注册地的地方税务局。
在纳税申报时，不要漏申报，2个税务管理机关都要报税。及时检查有无未申报项目。
追问那跨省、跨市、跨县级这怎么算?
追答跨省、自治区、直辖市和计划单列市。跨县级就不算了，市就要看你说的市的级别
参考资料：http://blog.sina.com.cn/s/blog_49af54130100o8sa.html