根据合肥市限购政策的相关规定，如果购房者在市区已有一套住宅，想要在市区再次贷款购买二套房。如果购房者名下没有贷款或贷款已还清，其首付比例为40%;如果购房者名下名下贷款未还清，购买二套房其首付比例为50%;如果购房者有两次以上的房贷记录，再次买房时其首付比例为60%。
法律依据：《关于规范商业性个人住房贷款中第二套住房认定标准的通知》
三、有下列情形之一的，贷款人应对借款人执行第二套（及以上）差别化住房信贷政策：
（一）借款人首次申请利用贷款购买住房，如在拟购房所在地房屋登记信息系统（含预售合同登记备案系统）中其家庭已登记有一套（及以上）成套住房的；
（二）借款人已利用贷款购买过一套（及以上）住房，又申请贷款购买住房的；
（三）贷款人通过查询征信记录、面测、面谈（必要时居访）等形式的尽责调查，确信借款人家庭已有一套（及以上）住房的。对购买首套自住房且套型建筑面积在90平方米以上的家庭（包括借款人、配偶及未成年子女），贷款首付款比例不得低于30%；对贷款购买第二套住房的家庭，贷款首付款比例不得低于50%，贷款利率不得低于基准利率的1.1倍；对贷款购买第三套及以上住房的，贷款首付款比例和贷款利率应大幅度提高，具体由商业银行根据风险管理原则自主确定。
《关于进一步促进我市房地产市场平稳健康发展的若干意见》
对二套房首付比例进行了调整：
1、居民家庭拥有1套住房且无购房贷款记录（含在外地贷款记录，下同）、居民家庭拥有1套住房且相应购房贷款已结清的，申请商业性个人住房贷款购买住房的，最低首付款比例均为40%；
2、合肥二套房首付比例居民家庭拥有1套住房且相应购房贷款未结清，为改善居住条件再次申请商业性个人住房贷款购买住房的，最低首付款比例为50%。