个人所得税申报的工资薪金所得，一般是应发工资，即扣除个人承担的社保、扣缴的个税以及其他扣除费用之前的工资。而实发工资是指实际到手的工资，是税后工资，实发工资在应发工资的基础上扣除了个人承担的社保部分，个人预缴的个税，如果企业有企业年金、职业年金的，还要扣除个人承担的企业年金职业年金部分等扣除费用。所以，本身个人所得税工资和实发工资的基数就不一致。
在个人所得税APP里面的工资是税前工资，而我们实际收到的则是税后工资，所以个人所得税的工资和实发不一致，很正常。
我们作为纳税人，有纳税的义务。为了避免偷税漏税的情况出现，也为了避免我们每月交税的麻烦，公司就会直接为我们代扣代缴个税，然后我们收到的就是税后工资了。
我们除了需要交税之外，平时缴纳的五险一金也并不是所有费用都由公司承担，我们个人也会承担一部分，而我们收到的实际工资，就是直接扣除了五险一金中扣除个人承担费用之后的费用，所以说实际收到的工资和个税APP中公司申报的工资会出现差异。
不过，一般情况下我们的税前工资和实际发放的工资，差异并不会很多。我们可以根据个税缴纳档次和比例计算出大致需要缴纳的费用，并根据自己所在地的社保扣除比例，计算出来自己需要承担“五险一金”的金额，这样就可以知道自己的工资是不是申报错了。
实务中，企业报销的员工出差差旅费（实报实销），比如飞机票火车票等不属于员工所得，无需申报个税；企业发放的符合规定标准的独生子女补贴、托儿补助费、误餐补助等不属于员工工资、薪金所得项目的收入，不征收个税。由于存在这些项目，使得申报的工资薪金所得和员工自己测算的税前工资不一致。
实务中，存在一些企业通过员工信息多列支工资薪金支出，增加企业所得税前人员工资扣除金额，偷逃企业所得税；而通过员工信息申报了工资之后，实际并未发放给员工，可能通过某些途径转给老板，使得老板少交一道分红个税。这种处理办法，不管是针对企业还是股东个人，均属于偷逃税款，风险很大，一旦被查，补税，滞纳金以及罚款是在所难免的。但是实务中，确实存在一些企业还通过这种方法虚列员工工资。
对于员工而言，要想弄清楚个人所得税申报工资和实发工资是否正确，企业有没有通过个人信息虚报工资，就需要了解两者之间的逻辑关系。
实发工资=个税申报工资（税前工资）-个人承担的社保部分—个人承担的年金部分-扣缴的个税-其他个人承担的费用金额
员工工资条上个人承担的社保，年金，扣缴的个税等扣除项目一般会列示出来，预缴的个税在个人所得税APP上也可以登录查询。
法律依据
《中华人民共和国个人所得税法》
第二条 下列各项个人所得，应纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
第六条 应纳税所得额的计算：
(一)居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
(二)非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额;劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
(三)经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
(四)财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元;四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
(五)财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
(六)利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除;国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
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