个人所得税的工资和实发不一致的原因是什么
1、税前税后的差别，一个是税前工资，一个是税后工资，所以是不一样的，个人所得税APP里面的是税前工资。
2、保险费的差别，个人所得税APP里面显示的工资还包含了五险一金什么的，而我们到手的实际工资是除掉这些的。
3、额外收入的差别，除了工资以外，还零零散散的在公司领过其他的收入，比如出差补贴之类的，那么也会有差异。
4、有不需要缴税的项目，实际到手的金额中存在一些项目无需申报缴纳个税，比如企业报销的员工出差差旅费(实报实销)，比如飞机票火车票等不属于员工所得，无需申报个税。
5、公司虚报工资，例如：公司原本实发14万，扣了不少税，但在App上显示一分都未交，年收入只有57000，这种情况如果公司单独收税，要拿起法律武器保护自己。
员工的实发工资=个税申报工资(税前工资)-个人承担的社保部分-个人承担的年金部分-扣缴的个税-其他个人承担的费用金额。
个税申报收入和实际收入之间逻辑关系
首先需要明确个人所得税申报的收入是税前收入，以工资薪金所得为例，个税申报的是税前工资，并未扣除个人承担的社保、公积金、个税以及其他个人需要承担的费用（比如个人承担的企业年金部分、公司代扣的住宿费、水电费等）。而个人实际到手的收入是税后收入，同样以工资薪金为例，税前工资（个税申报工资收入）扣除三险一金个人承担部分、预缴的个人所得税税额以及其他个人需要承担的费用之后才是实际到手工资收入。
即实际到手工资薪金所得=税前工资薪金-三险一金（个人承担）-其他个人承担的费用-预缴个税税款
除了工资薪金之外的其他综合所得（劳务报酬所得、稿酬所得及特许权使用费所得），个税申报的收入依然为税前收入，实际到手收入=税前收入-预缴的个税-个人承担的其他税费（比如个人缴纳的增值税，附加税费等）
由于个税申报收入和实际到手收入之间存在以上的逻辑关系，所以造成两者本身就不一致，这属于正常现象造成的不一致。
个人可以通过实际到手的税后工资来推算出个税申报收入是否正确。举例：张某2021年1-12月实际到手工资为12万，社保缴费基数为每月5000元，个人社保缴费比例为10.3%，公积金缴费基数和社保缴费基数一致，个人缴费比例为8%，张某没有其他扣除费用。
张某实际到手工资为12万，社保个人一个年度承担金额为5000×10.3%×12=6180元；公积金个人承担金额为5000×8%×12=4800元，个税申报工资=12×10000+6180+4800=130980元。
某些“实际到手收入”不包含在个税申报收入
员工出差期间实报实销的差旅费，员工垫付的办公用品费等，实际是公司应该承担的费用，员工先垫付了相关费用，公司再根据实际消费情况支付给员工，此类型的收入并非所得性质，不包含在个税申报收入中。
公司虚报员工收入
实务工作中，也可能存在公司虚报员工收入的情形，这种情况下，一般公司可以多列支成本费用达到少缴企业所得税等目的。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得_法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得
税：
（一） 工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
九）偶然所得。
第三条
个人所得_的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁
所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
第六条
应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税
年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除
后的余额，为应纳税所得额。
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