1、严格招标和承包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和分包。2、建设前期加强立项管理，投资充分，保证归口使用资金的80％以上存入银行，专用。3、加强合同和信息管理，签订协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询相关专家，请专家指导。4、严格进行工程变更检查，通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，必须变更的，首先要进行工程量和成本增减分析。5、加强隐蔽工程验收，完善隐蔽工程现场签证手续。6、及时解决工程中的索赔问题。7、结算时，以不漏算为目标，设定好定额，不乱收费，委托格的成本咨询机构结算。委托老手重视的成本工程师主持结算。8、进一步规范业主．承包商．政府行政管理部门行为，不盲目指挥。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》：
第十六条 当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。
第十九条 当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
第二十条 当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
第二十一条 当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
第二十二条 当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。