魏晋南北朝佛教具有三个基本特点：依附性。首先是思想上的依附性。如佛教般若学各派依傍玄学而流行；慧远曲意迎合儒家名教，调和儒佛矛盾，宣扬儒佛合明论，突出地体现了对中国传统思想文化的依赖和妥协。其次是依仗帝王和士大夫的支持，如道安所说“不依国主，则法事难立”。再次是倚重外国僧人。虽然当时中国佛教学者已经成长，但是在佛教经典的翻译和佛教教义的传播方面，起重要作用的还多是外国僧人。这和隋唐佛教独立自主的发展不相同。
兼容性。南北朝佛教学派林立，平行阐扬。各派虽有师法，但并不传法定祖，自封正统。在一个学派内部，学者也可兼习其他不同经典。这和隋唐佛教的宗派性迥异其趣。
差异性。魏晋南北朝政治分裂，地域阻隔，文化环境不同，南北佛教形成不同的学风。南方偏尚玄谈义理，涅槃佛性的探讨、顿悟渐悟的辩论、神灭神不灭的斗争，盛行一时。北方则偏重崇奉禅学、律学和净土信仰，重视行业，注意修行，如开凿云冈、龙门等石窟，就是突出的表现。这种南文北质的学风也和隋唐佛教的禅义均弘、理论与实践并重的学风，形成鲜明的对照。
佛教经过魏晋南北朝时期的吸收、消化和发展，已在中国扎下根来，成为中国封建社会上层建筑和民族文化的组成部分，并在思想上和物质上为隋唐时代创立有民族色彩的中国化的佛教准备了条件。鸠摩罗什译出的大乘空宗典籍，为三论宗的形成奠定了思想基础。慧远弘传弥陀净土信仰，对于净土宗的建立有着直接的影响。《法华经》和《华严经》的译出，分别成为天台宗和华严宗的主要经典。竺道生的涅槃佛性说和顿悟成佛说，为慧能禅宗的创立开了先导。