一、注册会计师审计是指注册会计师接受客户委托，对客户财务报表进行独立检查并发表意见。政府审计主要是指政府审计机关，例如审计署和地方审计厅局，依法对政府部门的财政收支进行的检查监督，此外，还包括对国有的金融机构和企事业组织的财务收支进行的检查监督。注册会计师审计和政府审计共同发挥作用，是国家维护市场经济秩序，强化经济监督的有利手段，但两者也存在以下几方面的区别：
1、审计目标和对象不同。
2、审计的标准不同。
3、经费或收入来源不同。
4、取证权限不同。
5、对发现问题的处理方式不同。
二、内部审计是“外部审计”的对称。由部门、单位内部专职审计人员进行的审计。目的在于帮助部门、单位的管理人员实行最有效的管理。内部审计与外部审计相配合并互为补充，是现代审计的一大特色。健全的内部审计制度，可为外部审计提供可信赖的资料，减少外部审计的工作量。在中国，内部审计不仅是部门、单位内部经济管理的重要组成部分，而且作为国家审计的基础，被纳入审计监督体系。
与外部审计相比，共同点为掌握基本的审计技术，审计结果可能存在相互借鉴。内部审计与外部审计的区别在于：
1、独立性不同。
根据IIA国际内部审计师协会于2011年发布的IPPF内部审计实务框架第1100、1110章节，内部审计的独立性包含两方面，一方面是指内审人员履职时免受威胁，另外一方面指审计组织机构的独立，即与董事会的汇报关系的独立。相比外部审计常用的《独立审计准则》，因两者的目标不同和服务对象不同，导致两者独立性不相同。
2、两者的审计目标不同。
外部审计的目标常常受到法律和服务合同的限制，如常见业务——财务报表审计的目标是财报的合法性、公允性作出评价，而内部审计的目的是评价和改善风险管理、控制和公司治理流程的有效性，帮助企业实现其目标。
3、两者关注的重点领域不同。
外部审计的关注重点领域受到法律和合同的指定，例如财务报表审计中，外部审计主要侧重点是会计信息的质量和合规性，也就是对财报的合法性、公允性作出评价。而内部审计主要侧重点是经济活动的合法合规、目标达成、经营效率等方面。
4、业务范围不同。
外部审计的业务范围受到法律和合同的指定，如财务报表审计、内部控制审计、鉴证审计、尽职调查等业务。而内部审计是以企业经济活动为基础，拓展到以管理领域为主的一种审计活动。
5、审计标准不同。
内部审计的标准是非法定的公认方针和程序，如IPPF；外部审计的标准是法定的独立审计准则和相关法律法规。
6、专业胜任能力要求不同。
内部审计要求具备较高的管理知识水平，由于内部审计的目标是帮助企业实现其目的，改善机构运作并增加价值，故要求内部审计人员具备较高的管理知识与水平。
这是三者最本质的区别：政府审计的主体是政府审计机关，代表政府依法进行审计；注册会计师审计是由经政府有关部门审核批准的注册会计师事务所进行；内部审计则由单位内部的审计机构及人员进行。
2、开展工作的法律依据和标准不同。
政府审计主要依据《中华人民共和国审计法》和国家审准则准；注册会计师审计主要依据《中华人民共和国注册会计师法》和中国注册会计师审计准则；内部审计则依据的是《审计署关于内部审计工作的规定》和内部审计准则。
3、独立性不同。
外部审计也就是政府审计和注册会计师审计的独立性较强且是双向独立，独立于授权（委托）单位及被审计单位；而内部审计的独立是相对独立，主要是独立于所审的其他职能部门，所以独立相对较弱。
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