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一、区别
1、审计主体不同。
政府审计的主体是国家审计机关；内部审计的主体是单位内，部的审计机构及人员；注册会计师审计的主体是由国家有关部门，审核批准的注册会计师事务所。
2、法律依据和审计准则不同。
政府审计主要依据《中华人民共和国审计法》和国家审计准则；内部审计主要依据《审计署关于内部审计工作的规定》和内部审计准则；注册会计师审计主要依据《中华人民共和国注册会计师法》和中国注册会计师审计准则。
3、审计的独立性不同。
政府审计和内部审计是单向独立；而注册会计师审计是双向独立。
4、审计方式不同。
政府审计和内部审计是授权审计；而注册会计师审计是委托审计。
5、审计的对象不同。
政府审计的服务对象是同级国家及其相关管理机构；内部审计的服务对象是本单位主要领导及其相应管理层；注册会计师审计的服务对象是委托单位即一切营利及非营利单位。
6、审计服务的有偿性不同。
政府审计和内部审计是无偿审计；而注册会计师审计是有偿审计。
7、审计实施的手段不同。
政府审计根据审计结果发表审计处理意见，如被审计单位拒不采纳，政府审计部门可以依法强制执行；注册会计师审计根据其审计结论发表独立、客观、公正的审计见，以合理保证审计报告使用人确定已审计的被审计单位会计报表的可靠程度；内部审计根据单位相关规定进行审计。
二、联系
1、政府审计、内部审计和注册会计师审计都是审计工作并共同构成审计监督体系，相互不可替代。
2、三者的工作方法具有一致性。
3、外部审计的结果对内部审计工作具有指导作用。
4、三种审计的结果对内部审计工作具有指导作用，外部审计可以使用内部审计的结果。政府审计与注册会计师审计之间的审计结果也可以互相参考，以提高工作效率。
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