法律分析：农村房屋建筑许可证丢失，可以补办的。
首先应按以下程序到房管局办理权属证书遗失登记和补办，具体流程如下：
1、房屋权利人应持身份证到市房管局，填写房产证遗失声明；
2、到房产档案馆查档并出具房产权属证明（房产档案馆收取查档费用）；
3、在报上刊登权属证书遗失声明；
4、6个月后，房管部门发布房屋所有权证书作废公告；
5、房屋权利人持刊登遗失声明和作废公告的原版报纸、身份证及复印件等资料到市房产交易管理处办理遗失登记发证手续。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法实施条例》 第三条 国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。
土地登记资料可以公开查询。
确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《森林法》、《草原法》和《渔业法》的有关规定办理。