商铺不依法办理房产证的法律后果是：不能进行买卖、赠与、置换、继承、出租、抵押贷款等活动；一经拆迁无法按照国家政策获得全额拆迁补偿；可能面临强制拆除或拍卖的风险；土地使用权期限届满时无法申请继续使用该土地。
《不动产登记暂行条例》
第二十一条
登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。
《中华人民共和国城市房地产管理法》
第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
《中华人民共和国城市房地产管理法》
第六十一条
房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。