如果公司的扣款制度符合相关法律法规的规定，且经过合法程序制定并公示，那么就是合法的。
首先，公司的扣款制度应当符合《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的规定。例如，公司不能随意扣除员工的工资，必须遵守国家关于最低工资标准、工资支付期限、工资支付方式等规定。此外，扣款制度应当明确、合理、公正，不能违反公序良俗或侵犯员工的合法权益。
其次，公司的扣款制度需要经过合法程序制定并公示。一般而言，扣款制度应当由公司管理层制定，经过员工代表或工会讨论通过，并在公司内部公示，以确保员工了解并遵守该制度。如果公司未经合法程序制定扣款制度，或者未将制度公示给员工，那么该制度就可能被认为是不合法的。
最后，需要注意的是，即使公司的扣款制度符合相关法律法规的规定，且经过合法程序制定并公示，但在实际操作中仍需注意合法性和合规性。例如，公司在扣款前应当先征得员工的同意，并保留好相关证据；扣款金额应当合理，不能超出员工的承受能力；扣款方式应当合法合规，不能侵犯员工的隐私或财产权等。
综上所述：
公司扣款制度是否合法，需要根据具体情况来判断。公司应当遵守相关法律法规的规定，制定合理、公正、合法的扣款制度，并确保制度经过合法程序制定并公示。在实际操作中，公司还需注意合法性和合规性，以保障员工的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》
第五十条规定：
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》
第三十条规定：
用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
《工资支付暂行规定》
第十五条规定：
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
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