元朝由蒙古族建立，是中国历史上首次由少数民族建立的大一统王朝。蒙古军队的对外战争具有征服性质，而两次对日本的战争就是为了征服日本，使之臣服。
13世纪蒙古骑兵横行欧亚大陆，唯独孤悬海外的日本不向元朝臣服，并且着手加强日本最靠近高丽的领土（高此时向元称臣），因此也是最有可能被首先侵略的地方--九州的防御。
1274年忽必烈发动第一次征日战争，他任命征东元帅忻都、右左副帅洪茶丘和刘复亨统率蒙汉军2万人、高丽军5600人、水手6700人.计3.23万人从高丽合浦出发。
从军队的组成上来分析，元朝所依靠的蒙古骑兵并没有出场，忽必烈所用的皆是投靠的汉人水军以及高丽的军队，这充分说明了元朝军队的多样性。所以说这次征服日本的战争，忽必烈所用的军队都是善于水战的，那么最终却为何会败于日本？
元军兵船驶进日本博多湾，翌日登陆。日军守护藤原经资指挥英勇战斗，但在元军步兵集闭战法和火药武器震天雷的威力下， 日军处于不利地位。
元军虽然在战场上压制了日军，却不擅长山地作战，无法突破九州岛崎岖的地形进入九州腹地。且日军战斗意志顽强，坚决抵抗，给元军也造成了不小损失，刘复亨受箭伤，元军撤至船上。当夜意外台风刮翻元军200多艘兵船，忻都连夜乘剩余船只撤退回国。
一场台风保住了日本，因此日本人都称之为“神风”。
日本为了进一步防御元朝，在很多可能登陆点修建堡垒和其它防御设施，这些登陆点中包括博多港。与此同时，高丽国王多次与元朝谈判，反对进一步的入侵日本计划。而元朝也派遣使者至日本，但日本两次下令将元朝派来的使者斩首。忽必烈非常恼火， 开始积极筹划第二次入侵。
1279年元军征服南宋之后，于1281年春发动了对日本的第二次入侵。元军的这次入侵规模大于第一次，其中由范文虎、李庭等人率领的江南军就有十余万人。发兵两路，一路由忻都、洪茶丘率领四万作战部队，战船九百艘，从朝鲜出发;一路由范文虎率领十万江南屯田部队，战船三千五百艘，从庆元(今浙江宁波)出发。总计蒙古人4.5万，高丽人5万，汉人约10万。
日本面对元朝的庞大军事攻势，举国震惊，这是一次亡国危机。日本开始在全国动员。同年夏，元军联合高丽人夺取了壹岐岛，而后向九州进发，并在不同地点登陆。在经历一些独立的小战斗，也就是所谓的弘安之战或"第二次博多港之战"后，元军被赶回了船上。此时一场持续两天的台风，也就是非常有名的"神风"，袭击了元军舰队并摧毁了大部分的船只。
又是一场台风帮助了日本，台风发生后，元军溺死不少，物资损失严重，士气也暴跌。但大部尚存。少贰资能之子少贰景资率领数万九州军，水陆结合，对剩余的援军发起迅猛打击，运用主场优势各个击破，元军除了范文虎、忻都等人率领少量士卒逃回之外，都被歼灭或俘虏。
元朝的两次对日战争都以失败告终，原因并不是元军不善水战，而是天助日本。元世祖忽必烈授命组成的征日元军，是由蒙、汉、高丽三族军队组成的联军。蒙军不但在战斗力，还有战术方面都远远高于日本。不过两次台风使元朝的军队死伤大半，这或许是天意？