依据我国相关法律的规定，发放年终奖时公司应该按应发工资计算，并且按规定为职工交纳个人所得税。
根据《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》二、纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并按以下计税办法，由扣缴义务人发放时代扣代缴：
（一）先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。
如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
（二）将雇员个人当月内取得的全年一次性奖金，按本条第（一）项确定的适用税率和速算扣除数计算征税，计算公式如下：
1. 如果雇员当月工资薪金所得高于（或等于）税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数
2. 如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
应纳税额=（雇员当月取得全年一次性奖金-雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额）×适用税率-速算扣除数