您好，
南开大学和中山大学，个人可能更偏向于中山大学。
1）南开大学：是一所位于天津市的教育部直属公办本科高校，是教育部和天津市共同建设的原国家重点培养
985工程高校，现双一流项目的
一流大学建设高校。现在的南开大学是在原南开大学合并了
天津对外贸易学院后的一所综合性高校。
2）中山大学：是一所位于
广东省广州市的教育部直属公办本科高校，是教育部、广东省、国家海洋局、国家卫生健康委员会、和国家国防科技工业局共同建设的原国家重点培养985工程高校，现双一流项目的一流大学建设高校。现在的中山大学和原中山大学合并了
中山医科大学后的一所综合性高校。
根据教育部
第四轮学科评估报告中的数据来看：
1）南开大学：共有35个学科入围报告，其中有5个A等级学科，9个A-等级学科，9个B+等级学科，6个B等级学科，3个B-等级学科，1个C等级学科，2个C-等级学科；
2）中山大学：共有47个学科入围报告，其中有2个A+等级学科，2个A等级学科，9个A-等级学科，13个B+等级学科，9个B等级学科，6个B-等级学科，6个C等级学科；
不论是入围学科数量还是入围学科质量，中山大学都要好过南开大学。在两所大学同时间入围的学科中相比较：
南开大学较好的有：
1）世界史：南开大学A-等级，中山大学B-等级
2）光学工程：南开大学B+等级，中山大学B-等级
3）化学：南开大学A等级，中山大学A-等级
4）应用经济学：南开大学A-等级，中山大学B+等级
5）政治学：南开大学A-等级，中山大学B等级
6）数学：南开大学A等级，中山大学A-等级
7）环境科学与工程：南开大学A-等级，中山大学B+等级
8）理论经济学：南开大学A等级，中山大学B+等级
9）统计学：南开大学A等级，中山大学B等级
中山大学较好的有：
1）
临床医学：南开大学B-等级，中山大学A-等级
2）信息与通信工程：南开大学C等级，中山大学B-等级
3）
公共管理：南开大学B+等级，中山大学A等级
4）口腔医学：南开大学C-等级，中山大学B+等级
5）哲学：南开大学B+等级，中山大学A-等级
6）基础医学：南开大学B-等级，中山大学A-等级
7）
工商管理：南开大学A等级，中山大学A+等级
8）新闻传播学：南开大学C-等级，中山大学B等级
9）生态学：南开大学B+等级，中山大学A+等级
10）考古学：南开大学B-等级，中山大学B等级
11）药学：南开大学B等级，中山大学A-等级
12）马克思主义理论：南开大学A-等级，中山大学A等级
两所院校同等级的有：
1）中国史：南开大学=中山大学=A-等级
2）中国语言文学：南开大学=中山大学=A-等级
3）外国语言文学：南开大学=中山大学=B+等级
4）图书情报与档案管理：南开大学=中山大学=B+等级
5）材料科学与工程：南开大学=中山大学=B等级
6）法学：南开大学=中山大学=B+等级
7）物理学：南开大学=中山大学=A-等级
8）电子科学与技术：南开大学=中山大学=B等级
9）社会学：南开大学=中山大学=B+等级
10）管理科学与工程：南开大学=中山大学=B等级
11）
计算机科学与技术：南开大学=中山大学=B+等级
12）
软件工程：南开大学=中山大学=B等级
看得出两所高校的实力很接近，但也看得出那个学门科类是较好的。比如中山大学所有的医药类学科都要比南开大学更好；管理学学门中山大学较南开大学略胜一筹，而经济学学门南开大学就要比中山大学略胜一筹了。中山大学的哲学学门好些而南开大学的法学学门好些。在理学和工学学门，南开大学也要比中山大学好一些。所以那个好实际上需要看您想要填报的学科和专业为主，但综合性质来说，中山大学的优质学科要比南开大学更多些。
南开大学近几年有下降的趋势，毕竟北京市就在隔壁，而天津市的综合实力近几年也下降了很多。相比较中山大学的地理位置就较好写，比中山大学更好的武汉大学和
华中科技大学离得较远，而广东省的经济实力全国排在第1，就业面广东省可能不输京津冀地区。所以综合院校的学科评估，院校近几年的情况和所在地的经济实力来看，个人可能更偏向于中山大学了。
备注：教育部拥有其第四轮学科评估报考的最终解释权，所提供数据和分析仅供参考。