各有各的优势，南开大学和中山大学都是国内的一流大学，前者在北方一带声誉更好，后者在南方一带声誉更好。
具体的优势学科参考国家教育部官方的学科评估结果，两个大学的学科在全国的排名情况分别如下：
中山大学
名次 学科名称
1】生态学
3】哲学
3】工商管理
4】社会学
4】海洋科学
4】临床医学
5】中国史
5】基础医学
5】口腔医学
5】公共卫生与预防医学
5】公共管理
5】图书情报与档案管理
6】物理学
6】大气科学
7】中国语言文学
7】考古学
8】马克思主义理论
8】地理学
8】生物学
8】护理学
9】理论经济学
10】化学
10】药学
12】世界史
12】地质学
15】心理学
15】统计学
16】数学
17】法学
17】外国语言文学
17】计算机科学与技术
21】环境科学与工程
23】软件工程
南开大学：
第2：化学
第2：世界史
第4：理论经济学
第4：统计学
第5：中国史
第5：数学
第5：光学工程
第5：政治学
第6：应用经济学
第6：工商管理
第7：社会学
第7：植物保护
第7：图书情报与档案管理
第7：考古学
第8：生物学
第8：环境科学与工程
第8：哲学
第8：马克思主义理论
第9：物理学
第10：中国语言文学
第22：法学
第27：外国语言文学
第27：基础医学
第27：药学
第33：控制科学与工程
第34：管理科学与工程
第34：软件工程
第38：计算机科学与技术
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