法律分析：单位丢失职工档案,责任由机关、企事业单位承担。机关、企事业单位是职工档案的义务保管人，没有尽到保管义务的，应当承担法律责任。档案丢失的后果具有多样性，可能造成工资、福利、保险的损失，还有可能造成再就业的不便。由于档案丢失有可能造成劳动者与用人单位发生有关工资、保险、福利、等劳动争议，因此将档案丢失纠纷作为普通民事案件受理，即与劳动争议案件竞合。因此，当事人可以选择档案丢失纠纷起诉，也可以选择按照有关工资、保险、福利等劳动争议案件申请仲裁。
法律依据：《中华人民共和国档案法》 第七条 国家鼓励社会力量参与和支持档案事业的发展。对在档案收集、整理、保护、利用等方面做出突出贡献的单位和个人，按照国家有关规定给予表彰、奖励。