很简单，日本觉得整个中国都会是他们的，他们已经占领了北京，当然认为故宫是他们的，故宫毕竟是文化遗产，弄坏了，他们会认为是自己家的宝贝没保护好。另一方面，当时他们扶植溥仪，故宫可是大清皇帝的居所，怎么的也不能看着坏了不管吧，面子工程还是要做的。另一方面，我们很多有识之士为了保护北京的文物，和日伪军周旋。
一、日本占领了大半个中国，以为故宫就是他们的了
从1931年九一八事变，到1937年卢沟桥事变，日本有局部侵华到全面侵华，还叫嚣着要三个月灭亡中国。虽然后来淞沪会战就让他们花了三个月的时间，才占领上海。但当时，日本已经武力占领了我国很多土地和城市，以为整个中国早晚都是他们的囊中之物，故宫也是他们的财产，所以不愿意大规模破坏。
根据相关资料显示，从1937年到1945年，故宫陆续修缮了53个地方，其中包括故宫本院，历史博物馆，大高殿等。修缮古建筑并不是一件容易的事情，需要花费大量的钱财。故宫那时候因为战争的缘故，收入少得可怜，没有足够的资金去修缮。万般无奈之下，故宫的工作人员，借助了日伪军的力量。
当时，故宫的工作人员通过多方周旋，从日伪军那边得到了故宫修缮的费用。53个工程里，有16项花费比较大的工程，资金源于日伪军。另外37个花费比较小的工程，由故宫方面出资。
二、营造大东亚共荣，扶植溥仪，用故宫充门面
日本败侵华说的冠冕堂皇，一直叫嚣着见大东亚共荣圈，故宫的国际影响力和地位，不仅仅是文化遗产，还有政治象征，当年大清强盛的时候，周边那么多的附属国，故宫，可是在亚洲具有政治影响力的。更何况日本还扶植溥仪，建立了伪满洲国，总不能被他们扶植的皇帝的家给拆了，或者眼看坏了也不修补，难堪是他日本人，毕竟他们要给自己找块遮羞布呢。
三、爱国人士的保护和周旋
值得一提的是，日军并不是完全没有打故宫的主意，他们当年其实用了一些手段，从故宫抢走了不少东西。比如，当时日军对太庙进行了抢掠，以借书的理由，搬走了太庙中的众多书籍，这些书籍全部都是古书，一旦丢失将会是我国的重大损失。在日军搬走书籍之前，我国的爱国人士张庭济断然拒绝，最后日本人没办法，写下了借条才将这些古书搬走。虽然我们都知道日军是野蛮的，借条根本约束不了他们。但是能够在这种情况下据理力争，张庭济老先生的胆识令人佩服。后来他还曾拿着欠条和日伪政权进行交涉，虽然没有把所有的古书要回来，但也索要回了一部分，在一定程度上保留下了中国的历史，张庭济也为中国的历史研究做出了巨大的贡献。
抗日战争的后期，日本人已经走上了穷途末路，他们的后备资源无法及时供给，前线的装备和子弹数量都已经不够支撑战争了。这时候日本的兽性爆发了，在北京城里的日伪军到处收集铜制品，因为他们要制造弹壳，甚至还把手伸到了故宫当中。为了保护故宫文物，张庭济忍痛把2000多斤残破的文物交给了日军，以求保存其他完好的文物。
1937是局部抗日战争的开始。在这一年，日军虽然占领了故宫，但一想到故宫以后可会为自己所有以及溥仪皇帝后，所以就没有去大肆地损坏故宫而是去修缮故宫。
一、日本认为未来的故宫的所有权会是他们的故宫是一个颇具历史时代的古建筑，里面的奇珍异宝更是无数。在侵华战争开始后，很多外国列强都觊觎故宫这块肥肉。当时的日本，在我国叫嚣的最凶，灭亡我国早已成为他们的目标，但是四万万人口哪是他说灭就灭的。我们的民族也不是好欺负的。
生活在战争时代，不是你死就是我伤。日本的步步紧逼以及在我国得到的成就，让他们更有信心可以灭亡我族人，统治我国，成为我国的主宰。一想到要成为主宰我们的统治者，就想到这些建筑物的存在的必要性，所以在占领故宫后不是摧毁而是修缮。
溥仪被赶出故宫护，日本得知这样的消息后，于是想到了傀儡皇帝这个歪主意。为了能够更快地实现灭亡我国的目标，所以日本选择了溥仪。在合作的期间，日本人利用溥仪建立了伪满洲帝国，更是打着溥仪的口号招摇撞骗。
溥仪与日本人是合作关系，既然是合作关系，当然要关照一下溥仪的感受了。故宫是溥仪从小生长的地方，而溥仪是伪满洲国的皇帝。故宫被日本所占领也就是溥仪所占领，既然是前朝皇帝的皇宫，那么故宫也是溥仪的一部分了，所以在侵占故宫后，面对故宫残破的样子理所应当的要修缮一下了，不然还溥仪还怎么和日本合作。
综上，日本在占领故宫后选择修缮完全是出于自己的利益和溥仪的面子而做的行为。