我自己有买过二手房，也是卖家还在还款的，不过，我的卖家他有房产证，首先我是将定金与卖家在银行开的联名帐户，没有我的同意签字这个钱是拿不出的。然后我们找了一家比较正规的跟银行有合作的担保公司，这样风险就转接到担保公司，那担保公司为了降低风险，会努力查的很清楚的。例如：这套房除了房贷还有没有其它的抵押，有没有同时卖几个客人？业主资料是否属实？等等。。。（现在社会上太多房屋的官非了，为了安全我选择了多出点钱，买个安心），等担保公司同意了，我就与卖主一同去到业主贷款银行，一起办理手绪，然后去律师事务所拿房产证，然后担保公司继续帮我办理新的换名房产证，待担保公司确保清楚之后，我将联名帐户里的钱及可能还有还贷剩余的钱一并交给担保公司。
如果你愿意也可以学我的方法，如果你想省钱的话，你可以要求看业主此套房屋的预售许可证，还有业主的购房合同及身份证原件，保留一张身份证复印件，去房管所查资料是否属实，然后开联名帐户放定金，然后去银行查清楚是否还有其它的抵押没有，然后一起去银行还贷。然后去房管所申请办理房产证，受理了，就放心了。
参考资料：真实经历，不知你是否适用。