劳动合同中的违约金条款是否合法，当约定干不满一年离职就要扣除1000元？根据劳动合同法的明确规定，违约金的设定并非无条件适用，而是基于特定条件。
首先，我们来看看《劳动合同法》的核心原则。第二十五条规定，除非符合第二十二条和第二十三条的特定情形，否则禁止用人单位单方面设定违约金条款。这意味着，除非公司为劳动者提供了特定的专项培训，如专业技术培训，且签订了服务期协议，否则这样的违约金条款被视为无效。
举个例子：如果公司为员工支付了高额的专业技能培训费用，如编程或外语培训，当员工在服务期内提前离职时，按照《劳动合同法》第二十二条，违约金的数额将受限于培训费用，并且不能超过尚未履行的服务期应分摊的费用。这样的条款旨在保障公司的投资回报。
其次，第二十三条涉及的是商业秘密和知识产权的保密协议。如果公司与劳动者签订了竞业限制条款，规定离职后的保密义务和竞业禁止，那么在违反这些约定时，劳动者可能需要支付违约金。但这并不涵盖单纯的工作年限限制，除非这些年限背后有特殊服务期协议的支持。
总结来说，劳动合同中的违约金条款，特别是干不满一年就要扣除1000元的条款，其合法性取决于是否满足相关培训或保密协议的要求。如果没有提供这些实质性服务或保障，那么这样的约定可能被认定为不合法。因此，在签订合同时，劳动者和雇主都应充分了解和协商这些条款，确保双方权益的合法性和合理性。