光合细菌的使用方法有酌量使用；适时使用；看水使用；与肥配用。具体使用方法如下：1、酌量使用。将光合细菌添加在饲料中投喂（鱼、虾、蟹）时，按1%的比例拌入即可，每隔2-3天投喂1次；用于预防疾病时，可经常使用，鱼池施入量为1-2g/m3，虾、蟹池为5-10g/m3，方法是兑水后全池泼洒。
2、适时使用。选择在晴天使用，使用光合细菌的适宜水温在20℃以上，低温及阴雨天气时不宜使用。
3、看水使用。在肥水时使用光合细菌，可促进有机污染物转化，避免有害物质积累，可改善水体环境，增加生物饵料。当水体消瘦时，则应先施肥培肥水质，然后再施入光合细菌，这样做有利于保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，当池水呈酸性时，应先使用
生石灰，将
pH值调节在7.0-8.0之间，然后再施入光合细菌。
4、与肥配用。在池塘施肥时，配合施用光合细菌效果更为明显。这样做不仅可避免因施肥量过大而水质难以把握的缺陷，而且还能防止因
藻类老化而造成水质变坏现象的发生，有利于增强培水、净水效果。