首先，企业如果发现发票多开，必须及时处理。发票是企业缴税的依据，因此多开发票将导致企业多缴相应的税款，给企业带来损失。同时，对于虚开发票等违法行为，国家一贯严厉查处，因此，尽管企业并非主动多开发票，也可能面临一定的税务风险。
发票金额大于付款金额，是很常见的事情。
主要有几种：
1、开票方（收款方并州）优惠，不计零头，但不愿做返利开红票手续；
2、报销人让开票方故意多开，以便报销时可以虚报。
账务处理时，应该按实际付款金额入账，发票金额大于付款金额的，不受影响。发票金额小于付款金额的，应该补足发票。
从管理上讲，应该严格审核采购项目金额，杜绝上面所讲的第二种情况发生。
已支付未取得发票的费用应如何入账
发票分为普通发票和增值税专用发票，没有所谓的正式发票。如果没有取得这两种正规有效的发票，是不可以报销的，但可以采用以下两种方式进行处理:
1、可以把没有正式发票的金额记入"其他应收款"，等有其它可以使用的正式发票时再进行冲抵即。
2、如果是经过相关管理人员签字的，可以记入相应的费用，但是这部份费用属于白条支出，税务是不认可的。只能等到年底的时候，在企业所得税汇算清缴时，这部份支出应做纳税调整增加。
普通发票:是指在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的收付款凭证。
增值税专用发票:是我国实施新税制的产物，是国家税务部门根据增值税征收管理需要而设定的，专用于纳税人销售或者提供增值税应税项目的一种发票。
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【法律依据】：《国家税务总局关于平销行为征收增值税问题的通知》规定：
1、凡增值税一般纳税人,无论是否有平销行为,因购买货物而从销售方取得的各种形式的返还资金,均应依所购货物的增值税税率计算旅蔽余应冲减的进项税金,并从其取得返还资金当期的进项税金中予以冲减.应冲减的进项税金计算公式如下：
当期应冲减进项税金＝当期取得的返还资金X所购货物适用的增值税税率
2、普通发票，做营业外收入，拆滚交所得税。
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