应用药物是治疗GERD最常用、最重要的方法。药物治疗的目的是：减低胃内容物的酸度和量；增强抗反流屏障能力；加强食管酸清除力；增强胃排空能力；增强幽门括约肌张力，防止十二指肠胃反流；在有炎症的食管黏膜上形成保护层，以促进炎症愈合。常用药物有以下几类：
（1）抗酸药：抗酸药是应用最早和最广泛的药物，其作用机制是中和胃内容的酸，提高食管内反流物的pH，从而减低胃蛋白酶的活性，还能轻度增高LES张力，故这类药物用于症状治疗，缓解症状作用迅速，适用于解除轻症或间歇发作的烧心症状。单用此类药物难使食管炎症愈合，故仅用作其他药物的一个辅助药。
早年应用的抗酸药有碳酸氢钠、氢氧化铝、氧化镁、三矽酸镁、碳酸钙等，均口感欠佳，且铝盐易引起便秘，镁盐易引起腹泻。目前，已把这些抗酸药制成复合剂，如胃得乐、胃必治、乐得胃等。
这些抗酸药均不宜长期服用。长期服用铝制剂易影响磷在肠道吸收，而致骨的病损，对人类神经系统也有潜在危险。
（2）抗分泌药：常用组胺H2受体拮抗药和质子泵抑制剂。
①组胺H2受体拮抗药：此类药物作用机制系与组胺竞争壁细胞上H2受体，占领该受体，从而抑制组胺刺激壁细胞的泌酸作用，使胃酸分泌减少和反流物酸性减低，减少其对食管黏膜的损伤作用，促进食管黏膜炎症愈合。H2受体拮抗药并不增强LES张力，对食管和胃排空亦无影响。常用的H2受体拮抗药有西咪替丁（甲氰咪胍，商品名泰胃美）、雷尼替丁、法莫替丁和尼沙替丁。此类药患者均有很好耐受，不良反应少。短期应用标准剂量能成功地使60%～70%的患者缓解症状。最佳服药时间是早餐和晚餐之后。H2受体拮抗药常被内科医师视为治疗GERD的标准首选药物，但此类药物仅能使48%的患者食管炎得到愈合，长期用药治愈严重食管炎者甚少，仅25%～45%的食管炎患者在1年之后未再出现食管黏膜损害。
总的来说，除了轻症GERD患者，标准剂量的H2受体拮抗药作用有限。加大剂量能提高76%～85%患者的愈合率。
②质子泵抑制剂（PPI）：此类药物的问世是治疗GERD的一个突破，目前有奥美拉唑（omeprazole）、兰索拉唑（1ansoprazole）、潘托拉唑（pantozole）、雷贝拉唑（rabeprazole）（波利特）等几种PPI可供采用，此类药物特异性地作用于胃黏膜壁细胞，降低壁细胞中的H+/K+-ATP酶的活性，从而能强有力地抑制胃酸的分泌，缓解症状和使食管炎症愈合。对愈合糜烂性食管炎，胜于H2受体拮抗药。
本品宜在早晨服用，效果大小与剂量有关。多数报告指出该药对85%～96%的患者有效，包括用其他疗法治疗失败的病例。但也并非所有的患者均对此药有充分反应，即使每天2次用药，仍有70%的患者夜间胃内酸度恢复到pH4以下至少1小时以上，正当此时可能有50%的患者发生反流。虽然此类药物是通过抑制质子泵来减少胃酸分泌，这种作用方式尚有局限性。如药物的作用不够迅速，单次用药后，在1小时之内可测到其效能，最大效能见于用药后6小时，1天1次用量的作用能持续3天。这对一次性症状发作和酸抑制药诊断试验者来说，要求作用迅速而短暂抑制酸分泌药物，显然有较大差距。
PPI远期疗效优于其他药物。但约半数患者要增加剂量才能维持愈合的疗效。应用奥美拉唑期间，血清胃泌素水平升高2～4倍，个体之间有很大差异，临床上无重要性。长期应用奥美拉唑能引起食管黏膜上皮增生，值得注意。潘托拉唑与奥美拉唑和兰索拉唑相比，对细胞色素P450依赖性酶的抑制作用较弱。
（3）促动力药
①甲氧氯普胺：商品名胃复安、灭吐灵，已使用多年，目前较少应用。它是一种多巴胺受体拮抗药，对食管和胃有促动力作用，如增进食管蠕动和胃排空，升高LES基础压力，起到抗胃食管反流的作用。此药也能促进幽门和十二指肠扩张，增进十二指肠、空肠和回肠的蠕动，加速肠内容物的通过。用量为5mg，3次/天，饭前15～30分钟服用。临床上认为此药减轻症状作用有限，难使食管糜烂或溃疡性病变愈合，故多用于轻症患者；或认为此药不能作为一种单药用于治疗GERD。由于它能通过血脑屏障，拮抗中枢神经系统的多巴胺受体，使胆碱能受体相对亢进，产生神经精神方面的不良反应，如倦怠、嗜睡、焦虑和锥体外系统反应，甚至昏迷。不良反应严重时应停止用药。
②多潘立酮：商品名吗丁啉。是另一类多巴胺受体拮抗药，影响胃肠道动力的作用与甲氧氯普胺相似。本品主要是促进和调整上消化道的动力，治疗反流性食管炎的疗效并不理想。一般剂量为10mg，3～4次/天，饭前15～30分钟服用，症状严重者也可在睡前加服1次。本品副作用和不良反应轻微，它仅微量透过血脑屏障，不致产生神经精神症状，但仍可进入脑干的化学感受器，起止吐作用。
③西沙必利：商品名普瑞博思，也是一种促动力药。其主要作用是5-羟色胺（5-HT）第四受体的激动药，刺激肠肌丛神经元，促进平滑肌运动。在动物实验和在人体上均观察到本品对全消化道平滑肌都有促动力作用。对GERD，能提高LES张力，促进食管排空和酸清除，增进胃排空。虽然西沙必利能增加LES张力，但对控制GERD最主要的发病机制tLESRs的作用不明显。西沙必利治疗GERD可偶而产生Q-T间期过度延长、尖端扭转型室速及（或）室颤，表现为每一连续心搏的QRS电轴均较前一个轻度变化且围绕等电位线转动。因此，西沙必利具有在某种程度与新的选择性Ⅲ类抗心律失常药相似的电生理与促心律失常特性，这些特性可以解释尖端扭转型室速的发生。
④莫沙必利（mosapride）：商品名加斯清（gasmotin），是1998年上市的胃肠促动力药，具有缓解肠易激综合征的腹痛、腹胀和便秘等症状；对糖尿病型胃轻瘫有减轻饱胀、嗳气、早饱、上腹痛、恶心和呕吐等症状；对GERD患者能增高LES压力、提高食管蠕动振幅、促进胃排空，从而抑制了胃食管反流和十二指肠胃反流，缩短了食管酸暴露时间，减轻了反流症状。10mg，3次/天，8周后症状改善率达97.4%，与西沙必利相比，GERD患者总体改善率西沙必利为68.5%，加斯清为74.1%。最重要的是本品没有西沙必利延长Q-T间期、诱发尖端扭转型室速或室颤等严重心脏不良反应，因而是一安全和高效的胃肠动力药。
⑤氯波必利（clebopride）：是一种高选择性的苯甲酰胺类多巴胺受体拮抗药，该药具有剂量小、起效快、疗效高、用途广、服用安全等优点，总有效率91.4%。通过220例患者的临床观察，该药治疗2～4周后控制烧心、反酸症状有效率达80.7%。口服0.68mg，3次/天，5天，无积蓄性。
⑥伊托必利（itopride）：商品名瑞复啉，具有多巴胺D2受体拮抗剂药及乙酰胆碱酯酶抑制药的双重作用，通过刺激内源性乙酰胆碱释放并抑制乙酰胆碱水解，可增强胃的内源性乙酰胆碱，增强胃和十二指肠运动，促进胃排空，并有中等强度镇吐作用。对GERD的作用研究尚少。用量成人50mg，3次/天。
（4）黏膜覆盖药
①藻酸盐抗酸剂：是一种抗酸药和藻酸的复合物，其作用与一般抗酸剂不同，嚼碎后服下，在唾液和胃酸作用下产生一种浮游的粘性凝胶，形成一保护食管黏膜炎症的屏障，以促使其愈合。所以，其作用较之单纯抗酸剂为好。本品的抗酸作用迅速可靠，咀嚼和吞咽动作还能促进唾液分泌和刺激食管蠕动，亦有利于食管炎症的愈合。对轻、中度反流性食管炎有较好的缓解症状效果；对较严重的食管炎，可作为一种附加的治疗。国内产品有盖胃平，含海藻酸、三硅酸镁和氢氧化铝，剂量为3～6片，3～4次/天，饭后、睡前或发病时嚼后用水冲服。因本品含有铝、镁等成分，故不宜长期服用。
②硫糖铝：本品为含有8个硫酸根的蔗糖铝盐，呈弱碱性反应，其中和胃酸的作用很弱。在酸性胃液中凝聚成黏稠的糊状物，附着在黏膜表面，形成一层保护膜。它与溃疡面的亲和力比正常黏膜强6～7倍。对硫糖铝治疗GERD的效果有分歧意见。
③胶体次枸橼酸铋：又称三钾二枸橼酸铋盐，商品名德诺，是三价铋的复合物，由许多氢氧化铋和枸橼酸结合而成的基本单元，它们互相连接，形成一个大分子，在水溶液中呈胶体状态。它与蛋白质有一种很强的亲和力，结合后能形成稳定的化合物。本品既不中和胃酸，也不抑制胃酸分泌，而是在胃液pH条件下，与黏膜损伤处的蛋白质结合，形成一层薄膜覆盖在任何黏膜损伤处，从而隔绝了胃酸、酶及食物对损伤黏膜的侵蚀作用，有利于黏膜炎症的修复和愈合。它也与正常黏膜蛋白质结合，但结合量少。本品剂量为240mg，2次/日，早饭和晚饭前半小时空腹嚼服。短期服用副作用很少，偶有头痛、眩晕、腹泻和极少的过敏反应。有极少量可被血液吸收，由肾排泄，有严重肾功能障碍者禁用。
本品还能与胃蛋白酶发生螯合作用而使其失活。铋离子能促进黏液分泌，对损伤黏膜的愈合有一定帮助。研究还证明本品刺激胃和十二指肠黏膜合成前列腺素，起保护细胞的作用；还有杀灭幽门螺杆菌的作用，因此也有治疗胃和十二指肠溃疡的功能。