(一）核算简单不适应管理需要。核算中心会计核算形式简单，多囿于传统的收支流水账，或简单的收、支分类单一模式核算，不能适应预算管理部门及单位财务管理或项目主管部门专项工程管理的需要。如：一些单位的专项工程投资核算，有的要按照建筑单位专项控制项目设立会计科目，有的要根据专项工程投资进行适时分析等，而会计人员只是一味的收支流水账核算，只顾及自己账面数字的技术性平衡，机械地执行行政事业单位会计核算制度，没有适应其他行业会计制度需要，不适于财务分析，财务管理专项报告，适时报告的需要。常常出现单位财务、管理需求与会计人员提供服务供给不相一致。
（二)人、财、事权分离，内控制度脱节。按照内控制度要求，会计业务受理，须经办人、证明人、审批人、会计人员等一应俱全，实行会计核算中心集中核算以后，经济业务事项发生后，单位知情人，只有经办人与审批人，而会计核算中心只受理的是会计业务原始凭证，审核的只是票面形式，而不是形式与实物的统一，至于对单位收入或支付款项的实物的计价、数量、质量全然不知，这样构成了人、财、事权分离，经济事项由原来的多人知情，多重内部控制，变为只有单位两人知情，这无疑给财务管理、会计核算的真实、合法增加了当事人舞弊的可能，同时这种分离也促成了内部控制的突节。
(三)会计人员与被受理单位责任不清。实行会计核算中心统一核算，无疑使原先由被受理单位全部承担的责任得以分解，这种分解，由于制度上不衔接，手续不严密，往往会造成，会计行为后果违纪违规的责任不清。如在审计某由会计核算中心统一核算单位财政财务预算执行情况时，发现该单位当年应纳入预算管理的收入，被会计人员列入单位预算外资金核算，当审计机关对该单位进行处理处罚时，被审计单位的理由是：该资金列不列预算内管理是由财政部门下文通知的，我单位会计核算是由会计中心主办的，会计核算中心是财政部门的管辖单位，我单位收了钱如数交会计核算中心，至于会计中心放在哪个科目核算，那是他们的事，以预算内资金转预算外资金过错处理处罚我单位，责任追究依据不足。这里显然，当事会计人员也有过错，因为使用科目差错，处理会计人员的依据也不足。不能只规定并追究会计人员的责任，应借鉴古代做法，追究单位负责人的连带责任，即单位违反财经纪律，单位负责人要受到“连坐”处理。
(四)支出受理标准不明。现行会计制度下的会计受理衡定其标准极为含糊，造成这种含糊的原因是多方面的，一是外部法律法规不健全；二是内部制度不配套；三是政策反馈不及时；四是监督和利益导向所为不关注。诚然不可能把所有的法律法规都制订的那么详尽，有一些具体的财务制度需要单位按照有关制度的原则，结合本单位的实际具体化才能有效。诸如单位收入中，收费收入由物价部门核定了标准，罚没收入弹性较大；在支出中：人员工资有了标准，由人事局核发，并有个人所得税调节，但在诸如：办公费、招待费、燃修费、会议费、固定资产购置费等并无具体标准。诸如招待费列支吧，一餐20元可以，200元也可以，2000元也可以，只要票据形式合法都可以列支，虽然财政部有了关于行政事业单位的招待费年列支标准最多不超过当年的公务费的3‰，但这制度所订的标准是防犯性的，文件并没有明确超过了怎么办、怎么对责任人处理。况且列支的招待费招待对象都是些头头脑脑，得罪不起的人。正是这种制度上的漏洞，招待费设置的本意被扭曲了，请客送礼等支出，都堂而皇之的变成“招待费”，如数列支了。有的“招待费”大了，还可以变成“会议费”。一个有执罚收入的单位或预算宽松单位的经费列支也许还未觉紧张。若年人均经费包干单位(硬性预算单位)在总经费有控制的前提下，当其他经费支出无标准、无限额列支时，无疑会出现公务经费挤占工资现象，最终导致的是单位人员工资发不齐(低于标准发放)，有特权的人无所谓，这种由经费列支无标准侵占工资现象，满足少数人私欲，是欠发达地区县乡两级财政财务中突出问题，应引起重视，是当前要解决的迫在眉睫的事情。当前党中央提出的“两个务必”确有必要。
(五)会计人力资源使用不充分。会计核算中心的成员，必然引起会计管理体制的变改和会计组织核算形式的重组，会计核算中心的成立，需要大量的专业的会计人员聚集，而另一方面，一些单位多年从事会计工作，具有适应能力的会计工作人员因为会计实行中心统一核算却被闲置。这样一方面要新进专业人员；另一方面，又造成娴熟会计专业人员的改职或闲置，这无疑造成会计人力资源浪费。
(六)主体成立法律支持力度不足。任何一种经济组织的成立应该有法律生存环境和条件，即便是地方试行的改革尝试，也应该有地方按预期实现目标，匹配职能，操作规范标准，承担责任等设定，现行模式的会计核算中心，一方面缺乏有力法律支持，同时，还存在与现行的相关法律，如《会计法》等抵触；另一方面，地方规定也存在诸多问题，试想这样会计改革尝试，如果其正面效应发挥还算取得成效；若是其负面效应发挥，那么改革的后果只能是失败。