会计集中核算制下存在的问题主要如下：
1、会计监督工作存在盲点。
会计集中核算形式下，会计人员脱离了各委派单位的实际业务工作，很难详细了解情况；一个核算人员又同时负责多个单位账务，无力全局掌握每个单位业务细节，行使会计监督的职能有一定难度。具体说，核算站实行大厅式作业和核算站办公的工作模式，单位计划买什么，花多少钱，是否真正产生这项经济业务，单位在没有去核算站报账前，会计人员一无所知。所以说，会计集中核算后会计信息的质量得不到制度上的充分保证。
2、不能完全堵塞经费支出漏洞。
节约财政支出，从源头上预防和治理腐败，是实行会计集中核算的出发点。核算站由于对单位的经济业务缺乏必要的了解，对单位报来的票据只能从两个方面进行监督审核：
一是看有没有单位领导的签字，是否与预留核算站的印鉴相符；
二是看单位拿来的票据是否合格。
3、核算中心人员少，工作量大。
实行会计集中核算后，由财政部门在银行开设统一核算账户，集中办理资金收付，各单位的财务工作主要都集中在会计核算中心。从目前各地会计核算中心的运行情况来看，都普遍存在着核算中心人员少、工作量过大，报账员在核算站报账等候时间较长，部分单位领导不够理解，从而使单位与委派会计之间造成一些矛盾，特别是核算业务量较大的核算中心，这些矛盾更加突出。
4、核算中心制度建设滞后于业务的发展。
会计核算中心成立时间较短，各项规章制度还不能完全适应不断发展的业务要求，某些方面已经制约了会计业务的发展，主要表现有：
一是核算中心职能定位与会计人员职责定位衔接不紧。核算与监督、管理与服务是会计核算中心的基本职能，究竟谁是第一位谁是第二位，实践过程中，会计人员履行职责时常处于左右为难的尴尬境地。
二是会计人员的思想政治工作缺乏针对性和实效性，会计人员坚持制度和原则的底气不足。
三是控制会计人员的岗位风险缺乏长效机制。
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