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企业所得税的汇算清缴的程序:
一、内资企业所得税的汇算清缴
二、外商投资企业和外国企业所得税的汇算清缴
三、个人独资企业与合伙企业所得税的汇算清缴根据《企业所得税暂行条例》及其实施细则，《中华人民共和国税收征收管理法》及《国家税务总局关于企业所得税汇算清缴管理办法》（1998-10-20国税函1998182号）等法律的规定，内资企业所得税的汇算清缴应按以下程序进行：
内资企业缴纳所得税，按年计算，分月或者分季预缴。
纳税人应当在月份或者季度终了后十五日内，向其所在地主管税务机关报送会计报表和预缴所得税申报表；年度终了后四十五日内，向其所在地主管税务机关报送会计决算报表和所得税申报表，在年度终了后四个月内结清应补缴的税款。预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关予以及时办理退税，或者抵缴下一年度应缴纳的税款。
应注意的是：
（1）实行按月或按季预缴所得税的纳税人，其纳税年度最后一个预缴期的税款应于年度终了后15日内申报和预缴，不得推延至汇算清缴时一并缴纳。
（2）若纳税人已按规定预缴税款，因特殊原因不能在规定期限办理年度企业所得税申报的，则应在申报期限内提出书面延期申请，经主管税务机关核准后，在核准的期限内办理。
（3）若纳税人因不可抗力而不能按期办理纳税申报的，可以延期办理；但是，应当在不可抗力情形消除后立即向主管税务机关报告。主管税务机关经查明事实后，予以核准。
（4）纳税人在纳税年度中间破产或终止生产经营活动的，应自停止生产经营活动之日起30日内向主管税务机关办理企业所得税申报，60日内办理企业所得税汇算清缴，并依法计算清算期间的企业所得税，结清应缴税款。
（5）纳税人在纳税年度中间发生合并、分立的，依据税收法规的规定合并、分立后其纳税人地位发生变化的，应在办理变更税务登记之前办理企业所得税申报，及时进行汇算清缴，并结清税款；其纳税人的地位不变的，纳税年度可以连续计算。
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